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Yorodumi- PDB-7c7i: Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c7i | ||||||
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Title | Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(E30D,K31E) | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / SHANK3 / Rap1b / SPN / Ras | ||||||
Function / homology | Function and homology information guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / postsynaptic density assembly / Rap protein signal transduction / positive regulation of synapse structural plasticity / vocal learning / modification of postsynaptic structure / negative regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of cell volume ...guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / postsynaptic density assembly / Rap protein signal transduction / positive regulation of synapse structural plasticity / vocal learning / modification of postsynaptic structure / negative regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of cell volume / regulation of cell junction assembly / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of integrin activation / NMDA glutamate receptor clustering / vocalization behavior / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / neuron spine / regulation of dendritic spine morphogenesis / AMPA glutamate receptor clustering / dendritic spine morphogenesis / Rap1 signalling / brain morphogenesis / establishment of endothelial barrier / Neurexins and neuroligins / regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of establishment of cell polarity / MET activates RAP1 and RAC1 / positive regulation of AMPA receptor activity / ciliary membrane / azurophil granule membrane / regulation of long-term synaptic depression / adult behavior / positive regulation of dendritic spine development / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / social behavior / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / RET signaling / cellular response to cAMP / synapse assembly / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Integrin signaling / lipid droplet / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / small monomeric GTPase / G protein activity / learning / positive regulation of long-term synaptic potentiation / establishment of localization in cell / ionotropic glutamate receptor binding / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / memory / SH3 domain binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / : / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / actin binding / scaffold protein binding / postsynaptic membrane / cell population proliferation / dendritic spine / postsynaptic density / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection / GTPase activity / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / zinc ion binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.28 Å | ||||||
Authors | Xiao, L.X. / Pan, L.F. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Chin.J.Chem. / Year: 2020 Title: Mechanistic Insights into the Interactions of Ras Subfamily GTPases with the SPN Domain of Autism-associated SHANK3. Authors: Xu, X.L. / Liu, J.P. / Wang, Y.L. / Wang, Y. / Gong, X. / Pan, L.F. #1: Journal: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: Journal: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / Year: 2010 Title: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. Authors: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / ...Authors: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R. / Read, R.J. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Terwilliger, T.C. / Zwart, P.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7c7i.cif.gz | 271 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7c7i.ent.gz | 180.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7c7i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7c7i_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7c7i_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 7c7i_validation.xml.gz | 22.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7c7i_validation.cif.gz | 31.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/7c7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/7c7i | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7c7jC 4dxaS 5g4xS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 19006.416 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E30D,K31E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RAP1B, OK/SW-cl.11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P61224 #2: Protein | Mass: 11193.857 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q9BYB0 |
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-Non-polymers , 4 types, 193 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 14.4% (w/v) PEG 8000, Sodium cacodylate/Hydrochloric acid (pH 6.5), 160 mM Calcium acetate, 20% (v/v) Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97891 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97891 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.28→50 Å / Num. obs: 23777 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 31.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 13.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.835 / Num. unique obs: 1181 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5G4X, 4DXA Resolution: 2.28→29.9 Å / SU ML: 0.2591 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.6199 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.28→29.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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