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万見
- PDB-6efr: Crystal Structure of iNicSnFR 1.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6efr
タイトルCrystal Structure of iNicSnFR 1.0
要素iNicSnFR 1.0, a genetically encoded nicotine biosensor,Green fluorescent protein
キーワードCHOLINE-BINDING PROTEIN / periplasmic binding protein / green fluorescent protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Osmoprotection protein (prox); domain 2 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter sp. X513 (バクテリア)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
Model detailsBiosensor for nicotine
データ登録者Shivange, A.V. / Borden, P.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA037161 米国
引用ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2019
タイトル: Nicotinic Drugs in the Endoplasmic Reticulum: Beginning the Inside-out Pathway of Addiction and Therapy
著者: Shivange, A.V. / Borden, P.M. / Muthusamy, A.K. / Nichols, A.L. / Bera, K. / Bao, H. / Bishara, I. / Jeon, J. / Mulcahy, M.J. / Kim, C.H. / Dougherty, D.A. / Chapman, E.R. / Marvin, J.S. / ...著者: Shivange, A.V. / Borden, P.M. / Muthusamy, A.K. / Nichols, A.L. / Bera, K. / Bao, H. / Bishara, I. / Jeon, J. / Mulcahy, M.J. / Kim, C.H. / Dougherty, D.A. / Chapman, E.R. / Marvin, J.S. / Looger, L.L. / Lester, H.A.
履歴
登録2018年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: iNicSnFR 1.0, a genetically encoded nicotine biosensor,Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4721
ポリマ－58,4721
非ポリマー00
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The assembly presents as a monomer by gel filtration.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.610, 95.640, 151.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 iNicSnFR 1.0, a genetically encoded nicotine biosensor,Green fluorescent protein


分子量: 58472.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter sp. X513 (バクテリア), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
プラスミド: pHHM / 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 6mM nicotine, 50mM MgCl2, 10mM HEPES, 30% PEG 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月1日
放射モノクロメーター: Double crystal Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→80.85 Å / Num. obs: 23162 / % possible obs: 99.07 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 36.65 Å2 / CC1/2: 0.924 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 47.79
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 14.1 % / Num. unique obs: 46891 / CC1/2: 0.86 / Rpim(I) all: 0.457 / Rrim(I) all: 1.245 / % possible all: 98.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBid 3R6U

3r6u


解像度: 2.4→61.64 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.67 / 詳細: Refined using Refmac (initial) and Phenix (final)
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 1178 5.09 %
Rwork0.1879 --
obs0.1912 23132 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 155.69 Å2 / Biso mean: 45.0672 Å2 / Biso min: 14.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→61.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4011 0 0 31 4042
Biso mean---42.6 -
残基数----504
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4001-2.50930.35351290.227927072836
2.5093-2.64160.2781340.211527142848
2.6416-2.80710.31251500.2126992849
2.8071-3.02380.30431520.209227092861
3.0238-3.32810.22931540.197427082862
3.3281-3.80970.23841640.186127442908
3.8097-4.79980.20741580.153727702928
4.7998-75.93290.25031370.189429033040
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26010.1686-0.12630.1971-0.0020.2466-0.2278-0.2820.02520.15640.0841-0.0572-0.0649-0.0256-0.00010.30020.05070.00280.29930.06330.27094.171123.512228.8924
21.4119-0.3987-0.06850.6050.23390.76940.0520.08090.03130.0146-0.04530.06390.0047-0.0691-0.00010.1913-0.02190.00480.19890.02970.145416.919396.447357.2143
30.1915-0.14260.00360.2001-0.150.215-0.00610.13310.2368-0.11790.03210.1498-0.0543-0.19990.00090.40730.0150.03760.35140.05180.40714.988111.418749.1665
40.3795-0.29930.2621.1366-0.42590.2514-0.07920.0839-0.2707-0.109-0.0143-0.01640.14510.0076-00.31190.03890.0760.26130.02680.40619.1313105.61521.3858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 71 )A2 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 72 through 303 )A72 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 304 through 341 )A304 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 342 through 522 )A342 - 522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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