PDB-6iom: Crystal structure of human C4.4A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iom

タイトル

Crystal structure of human C4.4A

要素

Ly6/PLAUR domain-containing protein 3

キーワード

CELL ADHESION / uPAR / three-fingered fold / LU domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / side of membrane / laminin binding / cell-matrix adhesion / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.594 Å

データ登録者

Huang, M.D. / Jiang, Y.B. / Yuan, C. / Lin, L.

資金援助

中国, 3件

引用

ジャーナル: Int J Biol Sci / 年: 2020
タイトル: Crystal Structures of Human C4.4A Reveal the Unique Association of Ly6/uPAR/alpha-neurotoxin Domain
著者: Jiang, Y.B. / Lin, L. / Chen, S. / Jiang, L.G. / Kriegbaum, M.C. / Gardsvoll, H. / Hansen, L.V. / Li, J. / Ploug, M. / Yuan, C. / Huang, M.D.

履歴

登録	2018年10月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.2	2020年3月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.type / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.type / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _citation.country / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iom.cif.gz	163.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iom.ent.gz	133.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iom.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/6iom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/6iom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ionSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gaj-d 4giv-1 3fxt-5 6o4a-1 3fxt-3 3o7i-1 6fyh-d 3wwq-4 3kos-d 3uqa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ly6/PLAUR domain-containing protein 3

B: Ly6/PLAUR domain-containing protein 3

ヘテロ分子

44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ly6/PLAUR domain-containing protein 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ly6/PLAUR domain-containing protein 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.055, 120.156, 169.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

Ly6/PLAUR domain-containing protein 3 / GPI-anchored metastasis-associated protein C4.4A homolog / Matrigel-induced gene C4 protein / MIG-C4

分子量: 21143.783 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C4.4A
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O95274

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.6 詳細: 22.5%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1M citric acid in pH 3.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9196 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9196 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→49.309 Å / Num. obs: 18403 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 37.58
反射シェル	解像度: 2.59→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 1763

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ION

6ion

解像度: 2.594→49.309 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2562	922	5.01 %
R_work	0.1976	-	-
obs	0.2007	18391	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.594→49.309 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2830	0	98	0	2928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.413	4097
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.46	1768
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	484
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	534

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5936-2.7303	0.3667	114	0.2903	2420	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7303-2.9013	0.309	128	0.25	2472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9013-3.1252	0.2985	135	0.2354	2459	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1252-3.4396	0.2881	131	0.2269	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4396-3.937	0.2641	139	0.1946	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.937-4.9588	0.2185	132	0.1562	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9588-41.1546	0.2348	143	0.1864	2608	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.3277	2.2501	2.3129	7.6687	2.1953	4.7865	-0.5362	0.1608	-0.4242	0.3355	-0.1111	-0.11	0.266	-1.228	0.2063	0.7094	-0.07	-0.1246	0.445	-0.0596	0.5746	31.1492	40.6653	77.5022
2	3.6662	4.1943	-2.6006	8.4431	-1.1323	2.7546	-0.5818	0.9447	-0.2726	-0.0067	0.2352	0.1846	-0.9478	0.1375	0.5443	1.0703	-0.1235	-0.1396	0.6326	-0.0954	0.8002	26.5385	44.0431	69.1774
3	8.934	0.7446	3.0062	4.5666	2.6655	6.2202	-0.1455	-1.0718	-0.8494	0.9467	-0.2096	0.5156	0.4989	0.0469	-0.3852	0.614	-0.1387	-0.0134	0.0429	-0.0932	0.6618	32.2015	35.7582	80.6959
4	4.4597	1.9324	-1.6809	5.3907	-4.9823	4.9448	-0.3474	0.0227	0.1837	0.8832	0.4379	0.2904	-0.4851	-0.4662	-0.3429	0.6052	-0.0954	-0.0549	0.3083	-0.0534	0.3912	32.9035	52.815	76.5684
5	3.0546	0.0762	-0.3421	3.1315	-4.8528	8.507	-0.4654	0.3621	0.9584	-0.0813	0.2599	0.1016	-0.4629	-0.6737	-0.2209	0.617	-0.2191	-0.1909	0.4312	0.0814	0.4787	31.7528	51.9625	70.9757
6	1.1808	-1.7001	2.2442	4.598	-6.5902	9.5154	0.0681	-0.0596	0.5278	0.9126	0.1059	-0.3316	-1.3773	-0.1362	0.0253	0.9807	-0.0343	-0.0961	0.426	-0.0739	0.4672	36.7246	53.2907	86.2806
7	2.5657	0.9732	-1.8523	7.2859	-7.2861	7.8073	-0.8268	0.4527	0.2039	-0.1074	0.3709	0.0365	-1.2584	0.731	0.0392	0.708	-0.1495	-0.1461	0.4615	0.1029	0.6392	38.0638	66.3049	70.1065
8	7.3309	1.4109	-1.7096	2.2642	1.2443	1.6509	-0.0008	-0.0377	0.137	1.0055	-0.0089	0.5844	0.3717	-0.1102	-0.4888	0.9834	-0.0615	-0.0691	0.2319	0.0796	0.4303	32.8325	55.0074	80.4127
9	7.0985	2.6345	-0.0312	8.8238	-3.0551	7.0049	0.0442	-0.3719	0.2384	1.1925	-0.1042	1.1195	-0.1985	-0.6482	0.1345	0.8507	-0.0497	0.1012	0.3608	-0.0626	0.5422	28.4394	43.2669	86.7504
10	7.1703	-0.8634	6.3006	2.9296	-0.6953	6.0352	0.6841	-0.1868	-0.5067	0.6219	1.4438	1.2941	0.6665	-1.0969	-1.1551	0.3749	0.1737	0.1139	0.6487	-0.0327	0.7358	24.459	55.6461	73.234
11	0.7576	-0.7766	0.7748	0.9212	-1.0448	1.2505	-0.1371	0.4545	0.4322	0.2246	0.4595	0.2873	0.0198	-0.7006	0.6085	0.5629	0.3871	-0.4195	1.0208	1.0871	0.6262	30.2008	74.918	55.5231
12	7.0913	5.1525	-7.3037	7.6269	-5.9764	7.6445	-0.2479	1.2298	0.361	-1.2631	0.9511	0.2074	-0.3765	-0.6404	0.051	1.2188	-0.5263	-0.3697	0.9637	0.188	0.5555	35.5029	61.5743	55.3699
13	2.0582	-0.6878	2.4259	0.6212	-2.1343	7.3578	-0.9389	1.3505	-1.0237	-2.1628	1.64	-0.6514	1.0705	0.2354	0.0101	1.0735	-0.32	-0.1199	0.7731	-0.2219	0.8865	37.7841	50.2703	57.1605
14	1.1037	0.5804	0.6497	2.0457	-1.8529	3.1165	-0.2608	0.998	-0.0907	-0.8484	1.0813	0.5185	0.3817	-0.6433	3.1935	1.4596	-0.5098	-0.5593	0.9978	0.2256	0.5675	34.8806	62.1622	53.0481
15	3.9117	3.7379	-1.6929	4.8448	-1.3169	4.3449	0.03	0.5714	1.4086	0.2513	1.3504	2.2109	-2.1195	-1.0641	-0.524	0.8656	0.1142	-0.1395	0.792	0.4612	0.8716	34.2277	75.6385	62.6596
16	7.028	3.7064	-5.5941	5.9646	-4.1665	4.8134	-0.2776	0.427	-0.5072	-1.7481	0.1281	-0.1828	0.249	-0.3478	-0.2479	0.5845	-0.3143	0.0245	0.5078	-0.0644	0.5185	42.1357	60.4421	62.1227
17	1.4084	2.4738	-2.2365	5.6485	-3.4045	4.7311	-0.2746	0.6457	-0.0755	-1.3298	0.4501	-0.0668	0.6175	0.0912	-0.0592	0.7292	-0.1922	-0.1208	0.4497	-0.0085	0.4308	39.9967	55.3186	67.6895
18	7.1183	-0.6504	-0.3109	4.8891	-4.7383	4.7297	0.0207	0.2474	-0.3716	-0.7611	0.2404	0.1266	-0.2543	0.3041	-0.2786	0.6683	-0.1067	-0.0847	0.5859	0.0447	0.5095	48.5821	68.0922	63.0082
19	6.1599	3.3763	-1.5385	3.8027	-1.2577	7.5617	-0.5741	0.8935	-0.1568	-0.7609	0.3648	0.0679	0.1216	0.09	0.1081	0.752	-0.0838	-0.1396	0.347	-0.0318	0.4735	44.0249	62.0635	62.2367
20	5.2454	3.8882	4.9105	4.1329	4.8545	5.7733	0.066	1.2602	-1.9107	1.1672	-0.2489	-1.6459	1.559	2.1368	0.3727	1.1183	-0.0914	0.032	0.839	0.1911	0.9387	55.673	63.8635	61.4576
21	4.6093	-7.1014	-2.423	1.9958	4.9261	3.7823	0.6679	0.5932	1.0882	-1.4158	0.49	-1.1218	-1.5275	2.8466	-1.574	0.6466	-0.3545	0.1536	1.2919	-0.5394	0.8015	49.5239	23.9823	43.3165
22	5.7621	-4.3701	-3.7519	5.833	4.6544	4.1799	0.9026	-0.5473	1.3743	-0.701	0.5987	-0.2714	-1.3903	1.9991	-1.2995	0.7706	-0.0868	-0.0586	1.0323	-0.3546	0.9063	44.9095	29.2757	56.7293
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26	2.6242	-1.4522	0.8362	4.8888	2.6029	2.8503	-0.4824	0.791	0.4065	-0.2299	0.474	-0.1369	-1.0404	0.3715	-1.0019	0.5744	-0.1328	0.0746	0.4443	0.0216	0.3851	28.5097	29.5547	63.0234
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30	3.7104	0.0661	0.8103	4.9512	1.2539	2.1483	0.1154	1.355	0.7801	-1.3711	0.7287	-0.626	-0.5844	0.2769	-0.5925	0.7722	-0.2432	0.169	0.9596	-0.1217	0.7225	40.4642	23.4856	41.7062
31	3.9785	-2.7201	3.4267	1.929	-2.4051	3.2202	0.4239	1.6042	0.9737	-0.1736	0.8651	-1.3991	-0.077	-0.4373	-0.4503	0.781	-0.1848	0.2228	0.9704	0.0006	0.8424	39.0626	29.5931	47.0722
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33	2.2981	-3.4033	0.1469	5.5895	1.0789	2.9494	-0.0924	-0.6567	0.6635	0.5304	-0.001	-0.2825	0.2163	0.2623	0.1241	0.5571	-0.0798	-0.0009	0.3573	-0.0675	0.5315	22.534	29.6446	75.47
34	4.2732	-2.3843	-5.2172	2.1552	2.1139	7.1473	-0.2691	-0.4285	1.0403	1.3282	0.0249	-0.9547	-0.1004	1.1976	-0.436	0.6088	-0.0641	-0.2402	0.4553	-0.0707	0.3751	38.5168	24.1788	70.7598
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37	3.5466	-0.504	-1.9368	3.5943	2.2317	6.9226	-0.7212	-0.042	-0.4129	0.1068	0.4149	0.0114	0.8726	0.5859	0.2974	0.4553	-0.0854	-0.0564	0.2616	-0.0809	0.3945	30.3535	18.9184	64.3571
38	5.432	2.4703	0.6502	2.035	-1.3261	3.3449	-0.1373	0.191	-0.8909	-0.1841	-0.2253	0.0681	0.1042	-0.0125	0.5421	0.3849	-0.0393	0.0168	0.3022	-0.0583	0.3112	31.4538	20.3274	64.7697
39	6.9709	0.0463	-0.8264	3.8956	2.9791	4.4796	-0.1193	-0.211	-0.7341	0.5996	0.0069	-0.1229	0.8117	0.227	-0.0566	0.6848	-0.039	-0.0179	0.2934	-0.0094	0.3584	24.2768	16.8622	68.3015
40	2.6886	-1.4797	-1.8851	1.1198	0.567	4.0039	0.5938	-0.941	-0.8981	1.1139	-0.4589	-0.4073	1.439	-0.4406	-0.2149	1.1671	0.0425	-0.1235	0.6059	0.1094	0.6342	27.2387	11.3466	76.2327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:9)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 10:16)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 17:28)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 29:41)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 42:52)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 53:63)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 64:71)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 72:76)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 77:86)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 87:102)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 103:108)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 109:115)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 116:121)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 122:132)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 133:141)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 142:147)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 148:166)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 167:172)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 173:196)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 197:201)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 1:5)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 6:17)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 18:23)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 24:30)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 31:37)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 38:46)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 47:56)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 57:63)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 64:72)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 73:83)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 84:89)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 90:103)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 104:113)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 114:121)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 122:134)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 135:139)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 140:152)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 153:166)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 167:192)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 193:200)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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