+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ion | ||||||||||||
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Title | The complex of C4.4A with its antibody 11H10 Fab fragment | ||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / uPAR / three-fingered fold / LU domain | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / laminin binding / cell-matrix adhesion / extracellular space / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Mus musculus (house mouse) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||||||||
Authors | Huang, M.D. / Jiang, Y.B. / Yuan, C. / Lin, L. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Int J Biol Sci / Year: 2020 Title: Crystal Structures of Human C4.4A Reveal the Unique Association of Ly6/uPAR/alpha-neurotoxin Domain Authors: Jiang, Y.B. / Lin, L. / Chen, S. / Jiang, L.G. / Kriegbaum, M.C. / Gardsvoll, H. / Hansen, L.V. / Li, J. / Ploug, M. / Yuan, C. / Huang, M.D. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ion.cif.gz | 253.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ion.ent.gz | 203.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ion.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ion_validation.pdf.gz | 787.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ion_full_validation.pdf.gz | 807.1 KB | Display | |
Data in XML | 6ion_validation.xml.gz | 25 KB | Display | |
Data in CIF | 6ion_validation.cif.gz | 33.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/6ion ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/6ion | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6iomC 3bt2S 3cleS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23684.973 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
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#2: Antibody | Mass: 23860.771 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
#3: Protein | Mass: 21143.783 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 31-231 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: C4.4A / Production host: Drosophila melanogaster (fruit fly) / References: UniProt: O95274 |
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#5: Sugar |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% PEG3350, 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Tris-HCl pH 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 12, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→40.144 Å / Num. obs: 18267 / % possible obs: 98.91 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1134 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.8406 / Num. unique obs: 1809 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3CLE, 3BT2 Resolution: 2.75→40.144 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.57
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→40.144 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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