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Yorodumi- PDB-4uqx: Coevolution of the ATPase ClpV, the TssB-TssC Sheath and the Acce... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uqx | |||||||||
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Title | Coevolution of the ATPase ClpV, the TssB-TssC Sheath and the Accessory HsiE Protein Distinguishes Two Type VI Secretion Classes | |||||||||
Components | HSIE1 | |||||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / SECRETION / SHEATH / DISASSEMBLY / REGULATION / BACTERIAL | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Type VI secretion system accessory component TagJ / ImpE protein / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | |||||||||
Biological species | PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.2 Å | |||||||||
Authors | Forster, A. / Planamente, S. / Manoli, E. / Lossi, N.S. / Freemont, P.S. / Filloux, A. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014 Title: Coevolution of the ATPase Clpv, the Sheath Proteins Tssb and Tssc and the Accessory Protein Tagj/Hsie1 Distinguishes Type Vi Secretion Classes. Authors: Forster, A. / Planamente, S. / Manoli, E. / Lossi, N.S. / Freemont, P.S. / Filloux, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uqx.cif.gz | 176.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uqx.ent.gz | 144.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uqx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/4uqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/4uqx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4uqwC 4uqyC 4uqzC 1zbpS 4uqn C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28666.510 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 21-281 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI B (bacteria) / Strain (production host): B834 / References: UniProt: Q9I746 | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.7 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.6 Details: 30% 2-METHYL 2,4-PENTANEDIOL 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.6) 20 MM CACL2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 31, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.2→55.9 Å / Num. obs: 88118 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 11.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.2→1.22 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1ZBP Resolution: 1.2→34.78 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / Phase error: 17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.2→34.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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