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- PDB-4uqz: Coevolution of the ATPase ClpV, the TssB-TssC Sheath and the Acce... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uqz | ||||||
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Title | Coevolution of the ATPase ClpV, the TssB-TssC Sheath and the Accessory HsiE Protein Distinguishes Two Type VI Secretion Classes | ||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / SECRETION / SHEATH / DISASSEMBLY / REGULATION / BACTERIAL | ||||||
Function / homology | ![]() Type VI secretion system accessory component TagJ / ImpE protein / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Forster, A. / Planamente, S. / Manoli, E. / Lossi, N.S. / Freemont, P.S. / Filloux, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Coevolution of the ATPase Clpv, the Sheath Proteins Tssb and Tssc and the Accessory Protein Tagj/Hsie1 Distinguishes Type Vi Secretion Classes. Authors: Forster, A. / Planamente, S. / Manoli, E. / Lossi, N.S. / Freemont, P.S. / Filloux, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 102.2 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 454.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4uqwC ![]() 4uqxC ![]() 4uqyC ![]() 1zbpS ![]() 4uqn C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 28383.232 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 21-281 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 18807.598 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: PROTEIN DEGRADED DURING PURIFICATION / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-ACT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.44 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 8 / Details: 100 MM TRIS(PH 8.0), 24% PEG6000, 0.2 M CACL2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Mar 3, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→54.7 Å / Num. obs: 43478 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 18.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1ZBP Resolution: 1.599→41.209 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.03 / Phase error: 25.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.599→41.209 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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