[日本語] English
万見
- PDB-4i84: The crystal structure of the Haemophilus influenzae HxuA secretio... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i84
タイトルThe crystal structure of the Haemophilus influenzae HxuA secretion domain involved in the two-partner secretion pathway
要素Heme/hemopexin-binding protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / beta-helix / TWO-PARTNER SECRETION PATHWAY / HxuB
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heme/hemopexin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Baelen, S. / Dewitte, F. / Clantin, B. / Villeret, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of the secretion domain of HxuA from Haemophilus influenzae.
著者: Baelen, S. / Dewitte, F. / Clantin, B. / Villeret, V.
履歴
登録2012年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heme/hemopexin-binding protein
B: Heme/hemopexin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9352
ポリマ－65,9352
非ポリマー00
水7,728429
1
A: Heme/hemopexin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9681
ポリマ－32,9681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heme/hemopexin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9681
ポリマ－32,9681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.990, 70.840, 104.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Heme/hemopexin-binding protein / Heme:hemopexin utilization protein A


分子量: 32967.695 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-324 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: HI_0264, hxuA, KW20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)omp5 / 参照: UniProt: P44602
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.095M TRI SODIUM CITRATE pH 5.6, 5% GLYCEROL, 19% ISOPROPANOL, 12% PEG4000, 0.5M IMIDAZOLE pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月29日
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.9 Å / Num. all: 89861 / Num. obs: 89775 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ODL

2odl


解像度: 1.5→41.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.648 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21027 4489 5 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs0.16154 85287 100 %-
all-89815 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.866 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4278 0 0 429 4707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0224513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2361.9486127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1975617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.00327.5196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64315837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.897159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8641.52933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.24624772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0931580
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.2174.51342
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.18634513
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 318 -
Rwork0.232 6044 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る