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- PDB-4uqw: Coevolution of the ATPase ClpV, the TssB-TssC Sheath and the Acce... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uqw | ||||||
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Title | Coevolution of the ATPase ClpV, the TssB-TssC Sheath and the Accessory HsiE Protein Distinguishes Two Type VI Secretion Classes | ||||||
![]() | PROTEIN CLPV1 | ||||||
![]() | CHAPERONE / SECRETION / SHEATH / DISASSEMBLY / REGULATION / BACTERIAL | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Forster, A. / Planamente, S. / Manoli, E. / Lossi, N.S. / Freemont, P.S. / Filloux, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Coevolution of the ATPase Clpv, the Sheath Proteins Tssb and Tssc and the Accessory Protein Tagj/Hsie1 Distinguishes Type Vi Secretion Classes. Authors: Forster, A. / Planamente, S. / Manoli, E. / Lossi, N.S. / Freemont, P.S. / Filloux, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 118.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 444.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4uqxC ![]() 4uqyC ![]() 4uqzC ![]() 3zrjS ![]() 4uqn C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.4876, -0.5142, 0.7056), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 18075.559 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N DOMAIN, RESIDUES 1-161 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-BEN / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.2 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8 / Details: 0.2 M SODIUM MALONATE 20% PEG 3350, PH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 20, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→90.5 Å / Num. obs: 70465 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 19.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3ZRJ Resolution: 1.5→46.572 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.73 / Stereochemistry target values: ML / Details: RESIDUES 82-84 IN CHAIN A ARE DISORDERED
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→46.572 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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