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- PDB-3sdw: Crystal structure of a ribose-5-phosphate isomerase B RpiB from C... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sdw | ||||||
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Title | Crystal structure of a ribose-5-phosphate isomerase B RpiB from Coccidioides immitis bound to phosphate | ||||||
![]() | ribose 5-phosphate isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / ribose-5-phosphate / RpiB / Valley Fever / Coccidioidomycosis / pathogenic fungus / dust-borne pathogen / nucleotide and co-factor biogenesis / pentose phosphate pathway | ||||||
Function / homology | ![]() Isomerases; Intramolecular oxidoreductases; Interconverting aldoses and ketoses, and related compounds / isomerase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural characterization of a ribose-5-phosphate isomerase B from the pathogenic fungus Coccidioides immitis. Authors: Edwards, T.E. / Abramov, A.B. / Smith, E.R. / Baydo, R.O. / Leonard, J.T. / Leibly, D.J. / Thompkins, K.B. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Staker, B.L. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 79.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 57.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 419.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 419.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3qd5SC ![]() 3sgwC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 19709.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0CL19, Isomerases; Intramolecular oxidoreductases; Interconverting aldoses and ketoses, and related compounds | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-PO4 / | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: CoimA.00584.a.A1 PS00647 at 66 mg/mL with 20 mM ribose-5-phosphate and 12 mM MnCl2 against PACT screen condition A2 0.1 M SPG buffer pH 5.0, 25% PEG 1500 with 20% ethylene glycol as cryo- ...Details: CoimA.00584.a.A1 PS00647 at 66 mg/mL with 20 mM ribose-5-phosphate and 12 mM MnCl2 against PACT screen condition A2 0.1 M SPG buffer pH 5.0, 25% PEG 1500 with 20% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 222975a2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: May 24, 2011 / Details: VariMax | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 28652 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 19.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 12.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 36.42 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3qd5 Resolution: 1.8→30.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.1515 / WRfactor Rwork: 0.1327 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.9265 / SU B: 4.066 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.1092 / SU Rfree: 0.1011 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.101 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 37.7 Å2 / Biso mean: 13.1584 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→30.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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