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- PDB-3s5p: Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase B RpiB from Gia... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s5p | ||||||
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Title | Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase B RpiB from Giardia lamblia | ||||||
![]() | Ribose 5-phosphate isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Giardia / ribose-5-phosphate / ribulose-5-phosphate / RpiB / RpiA / pentose phosphate pathway / pentose-phosphate shunt / flagellated protozoan parasite / gastrointestinal tract parasite | ||||||
Function / homology | ![]() ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / isomerase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase B RpiB from Giardia lamblia Authors: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 81.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 451 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2vvrS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 128 / Label seq-ID: 22 - 149
|
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Components
#1: Protein | Mass: 17658.990 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: GilaA.01163.a.A1 PS00138 at 24 mg/mL with 5 mM ribose-5-phosphate against JCSG+ screen condition A6 0.2 M Li2SO4, 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 20% PEG 1000, crystal tracking ID 215117a6, ...Details: GilaA.01163.a.A1 PS00138 at 24 mg/mL with 5 mM ribose-5-phosphate against JCSG+ screen condition A6 0.2 M Li2SO4, 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 20% PEG 1000, crystal tracking ID 215117a6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 7, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Highest resolution: 2.3 Å / Num. all: 14267 / Num. obs: 13930 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55.729 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 22.39 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2vvr Resolution: 2.3→38.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2291 / WRfactor Rwork: 0.1905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8451 / SU B: 13.011 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.272 / SU Rfree: 0.2098 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.21 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 127.66 Å2 / Biso mean: 50.4842 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→38.62 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 821 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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