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- PDB-3dkd: Crystal structure of the mimivirus NDK +Kpn-N62L-R107G triple mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dkd
タイトルCrystal structure of the mimivirus NDK +Kpn-N62L-R107G triple mutant complexed with GDP
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / NDK Phosphotransferase nucleotide binding / ATP-binding / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide metabolism / Nucleotide-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jeudy, S. / Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Abergel, C.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: Dissecting the unique nucleotide specificity of mimivirus nucleoside diphosphate kinase.
著者: Jeudy, S. / Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Abergel, C.
履歴
登録2008年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9906
ポリマ－33,0552
非ポリマー9354
水4,468248
1
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,97118
ポリマ－99,1666
非ポリマー2,80512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.070, 70.070, 103.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-212-

HOH

21A-225-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase / NDP kinase / NDK


分子量: 16527.703 Da / 分子数: 2 / 変異: N62L, R107G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: NDK, MIMI_R418 / プラスミド: pDIGS02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5UQL3, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 92-94 ILT WERE REPLACED BY RESIDUES 92-98 TNPLASA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40-45% 2-Methyl-2,4-pentane-d12-diol, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→60 Å / Num. obs: 22639 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3288 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B8Q

2b8q


解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.262 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21563 1159 5.1 %RANDOM
Rwork0.18122 ---
obs0.18297 21485 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2112 0 58 248 2418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1541.9883000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7865264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80924.51102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85815388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9121514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.21070
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21526
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.481.51375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82622148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2943978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1794.5852
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 97 -
Rwork0.232 1582 -
obs-1582 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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