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- PDB-5dmj: Structure of the extracellular domain of the CD40 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dmj
タイトルStructure of the extracellular domain of the CD40 in complex with 3H56-5 DAB
要素
  • 3H65-5 domain antibody (dAb)
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
キーワードIMMUNE SYSTEM/SIGNALING PROTEIN / CELL SURFACE RECEPTOR / DOMAIN ANTIBODY / PROTEIN/PROTEIN INTERACTION / IMMUNE SYSTEM-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / response to cobalamin ...cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / response to cobalamin / positive regulation of protein kinase C signaling / defense response to protozoan / B cell activation / B cell proliferation / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / response to type II interferon / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / antigen binding / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / platelet activation / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to tumor necrosis factor / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / protein-containing complex assembly / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / inflammatory response / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Functional Antagonism of Human CD40 Achieved by Targeting a Unique Species-Specific Epitope.
著者: Yamniuk, A.P. / Suri, A. / Krystek, S.R. / Tamura, J. / Ramamurthy, V. / Kuhn, R. / Carroll, K. / Fleener, C. / Ryseck, R. / Cheng, L. / An, Y. / Drew, P. / Grant, S. / Suchard, S.J. / ...著者: Yamniuk, A.P. / Suri, A. / Krystek, S.R. / Tamura, J. / Ramamurthy, V. / Kuhn, R. / Carroll, K. / Fleener, C. / Ryseck, R. / Cheng, L. / An, Y. / Drew, P. / Grant, S. / Suchard, S.J. / Nadler, S.G. / Bryson, J.W. / Sheriff, S.
履歴
登録2015年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
B: 3H65-5 domain antibody (dAb)
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
E: 3H65-5 domain antibody (dAb)
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
G: 3H65-5 domain antibody (dAb)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1899
ポリマ－100,0726
非ポリマー1173
水23413
1
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
B: 3H65-5 domain antibody (dAb)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3963
ポリマ－33,3572
非ポリマー391
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14670 Å2
手法PISA
2
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
E: 3H65-5 domain antibody (dAb)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3963
ポリマ－33,3572
非ポリマー391
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14980 Å2
手法PISA
3
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
G: 3H65-5 domain antibody (dAb)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3963
ポリマ－33,3572
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.300, 48.700, 138.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 / B-cell surface antigen CD40 / Bp50 / CD40L receptor / CDw40


分子量: 20084.449 Da / 分子数: 3 / 変異: D153, D180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40, TNFRSF5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25942
#2: 抗体 3H65-5 domain antibody (dAb)


分子量: 13272.805 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PDOM13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB2151
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHOR STATES THAT THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH ASN153 AND ASN180 (AND POST-TRANSLATIONAL ...THE AUTHOR STATES THAT THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH ASN153 AND ASN180 (AND POST-TRANSLATIONAL CARBOHYDRATE) AND THEN SUBJECTED TO PNGASE F CLEAVAGE WHICH REMOVES THE CARBOHYDRATE AND LEAVES ASP153 AND ASP180 RATHER THAN ASN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 100mM Citric Acid, pH 3.5, 20% (w/v) PEG 4000, 200 mM potassium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 29303 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 66.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rejects: 0 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CD40 ENSEMBLE FROM 1JMA, 2UWI, 2AW2, 1NCF, 1TNR, 2HEV, 2HEY; DAB FROM 2VYR

1jma

2uwi

2aw2

1ncf

1tnr

2hev

2hey

2vyr


解像度: 2.79→46.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8641 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8508 / SU R Cruickshank DPI: 0.734 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.698 / SU Rfree Blow DPI: 0.324 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2582 1036 3.54 %RANDOM
Rwork0.2288 28263 --
obs0.2299 29299 98.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 151.62 Å2 / Biso mean: 56.91 Å2 / Biso min: 6.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.7752 Å20 Å2-20.4608 Å2
2---1.4444 Å20 Å2
3---11.2196 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→46.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6137 0 3 13 6153
Biso mean--50.7 29.29 -
残基数----844
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1993SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes138HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes955HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6315HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion858SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6927SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6315HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8637HARMONIC21.36
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.05
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.89 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3047 107 3.94 %
Rwork0.2827 2610 -
all0.2835 2717 -
obs--92.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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