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- PDB-6gma: Crystal structure of the FIP200 C-terminal region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gma
タイトルCrystal structure of the FIP200 C-terminal region
要素RB1-inducible coiled-coil protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / autophagy / cold-shock domain / claw domain / apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / pexophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / reticulophagy / Macroautophagy ...Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / pexophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / positive regulation of cell size / extrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of autophagy / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / liver development / autophagy / heart development / nuclear membrane / molecular adaptor activity / defense response to virus / lysosome / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11
類似検索 - ドメイン・相同性
RB1-inducible coiled-coil protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Witt, M. / Bock, T. / Daumke, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2013-CoG-616024 ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: FIP200 Claw Domain Binding to p62 Promotes Autophagosome Formation at Ubiquitin Condensates.
著者: Turco, E. / Witt, M. / Abert, C. / Bock-Bierbaum, T. / Su, M.Y. / Trapannone, R. / Sztacho, M. / Danieli, A. / Shi, X. / Zaffagnini, G. / Gamper, A. / Schuschnig, M. / Fracchiolla, D. / ...著者: Turco, E. / Witt, M. / Abert, C. / Bock-Bierbaum, T. / Su, M.Y. / Trapannone, R. / Sztacho, M. / Danieli, A. / Shi, X. / Zaffagnini, G. / Gamper, A. / Schuschnig, M. / Fracchiolla, D. / Bernklau, D. / Romanov, J. / Hartl, M. / Hurley, J.H. / Daumke, O. / Martens, S.
履歴
登録2018年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RB1-inducible coiled-coil protein 1
B: RB1-inducible coiled-coil protein 1
C: RB1-inducible coiled-coil protein 1
D: RB1-inducible coiled-coil protein 1
E: RB1-inducible coiled-coil protein 1
F: RB1-inducible coiled-coil protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4606
ポリマ－96,4606
非ポリマー00
水00
1
A: RB1-inducible coiled-coil protein 1
B: RB1-inducible coiled-coil protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1532
ポリマ－32,1532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17160 Å2
手法PISA
2
C: RB1-inducible coiled-coil protein 1
D: RB1-inducible coiled-coil protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1532
ポリマ－32,1532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17130 Å2
手法PISA
3
E: RB1-inducible coiled-coil protein 1
F: RB1-inducible coiled-coil protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1532
ポリマ－32,1532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.045, 187.166, 55.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain D and resid 1456 through 1485)
21(chain C and resid 1456 through 1485)
31(chain E and resid 1456 through 1485)
41(chain B and resid 1456 through 1485)
51(chain A and resid 1456 through 1485)
61(chain F and resid 1456 through 1485)
12(chain F and ((resid 1496 through 1503 and (name N...
22(chain A and ((resid 1496 through 1503 and (name N...
32(chain B and ((resid 1496 through 1503 and (name N...
42(chain C and ((resid 1496 through 1503 and (name N...
52(chain D and ((resid 1496 through 1503 and (name N...
62(chain E and ((resid 1496 through 1503 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAMETMET(chain D and resid 1456 through 1485)DD1456 - 14852 - 31
211ALAALAMETMET(chain C and resid 1456 through 1485)CC1456 - 14852 - 31
311ALAALAMETMET(chain E and resid 1456 through 1485)EE1456 - 14852 - 31
411ALAALAMETMET(chain B and resid 1456 through 1485)BB1456 - 14852 - 31
511ALAALAMETMET(chain A and resid 1456 through 1485)AA1456 - 14852 - 31
611ALAALAMETMET(chain F and resid 1456 through 1485)FF1456 - 14852 - 31
112ILEILEVALVAL(chain F and ((resid 1496 through 1503 and (name N...FF1496 - 150342 - 49
122ALAALALYSLYS(chain F and ((resid 1496 through 1503 and (name N...FF1456 - 15932 - 139
132ALAALALYSLYS(chain F and ((resid 1496 through 1503 and (name N...FF1456 - 15932 - 139
142ALAALALYSLYS(chain F and ((resid 1496 through 1503 and (name N...FF1456 - 15932 - 139
152ALAALALYSLYS(chain F and ((resid 1496 through 1503 and (name N...FF1456 - 15932 - 139
212ILEILEVALVAL(chain A and ((resid 1496 through 1503 and (name N...AA1496 - 150342 - 49
222GLYGLYLYSLYS(chain A and ((resid 1496 through 1503 and (name N...AA1455 - 15931 - 139
232GLYGLYLYSLYS(chain A and ((resid 1496 through 1503 and (name N...AA1455 - 15931 - 139
242GLYGLYLYSLYS(chain A and ((resid 1496 through 1503 and (name N...AA1455 - 15931 - 139
252GLYGLYLYSLYS(chain A and ((resid 1496 through 1503 and (name N...AA1455 - 15931 - 139
312ILEILEVALVAL(chain B and ((resid 1496 through 1503 and (name N...BB1496 - 150342 - 49
322GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 1496 through 1503 and (name N...BB1455 - 15931 - 139
332GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 1496 through 1503 and (name N...BB1455 - 15931 - 139
342GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 1496 through 1503 and (name N...BB1455 - 15931 - 139
352GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 1496 through 1503 and (name N...BB1455 - 15931 - 139
412ILEILEVALVAL(chain C and ((resid 1496 through 1503 and (name N...CC1496 - 150342 - 49
422GLYGLYLYSLYS(chain C and ((resid 1496 through 1503 and (name N...CC1455 - 15931 - 139
432GLYGLYLYSLYS(chain C and ((resid 1496 through 1503 and (name N...CC1455 - 15931 - 139
442GLYGLYLYSLYS(chain C and ((resid 1496 through 1503 and (name N...CC1455 - 15931 - 139
452GLYGLYLYSLYS(chain C and ((resid 1496 through 1503 and (name N...CC1455 - 15931 - 139
512ILEILEVALVAL(chain D and ((resid 1496 through 1503 and (name N...DD1496 - 150342 - 49
522GLYGLYLYSLYS(chain D and ((resid 1496 through 1503 and (name N...DD1455 - 15931 - 139
532GLYGLYLYSLYS(chain D and ((resid 1496 through 1503 and (name N...DD1455 - 15931 - 139
542GLYGLYLYSLYS(chain D and ((resid 1496 through 1503 and (name N...DD1455 - 15931 - 139
552GLYGLYLYSLYS(chain D and ((resid 1496 through 1503 and (name N...DD1455 - 15931 - 139
612ILEILEVALVAL(chain E and ((resid 1496 through 1503 and (name N...EE1496 - 150342 - 49
622GLYGLYASNASN(chain E and ((resid 1496 through 1503 and (name N...EE1455 - 15911 - 137
632GLYGLYASNASN(chain E and ((resid 1496 through 1503 and (name N...EE1455 - 15911 - 137
642GLYGLYASNASN(chain E and ((resid 1496 through 1503 and (name N...EE1455 - 15911 - 137
652GLYGLYASNASN(chain E and ((resid 1496 through 1503 and (name N...EE1455 - 15911 - 137

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
RB1-inducible coiled-coil protein 1 / FAK family kinase-interacting protein of 200 kDa / FIP200


分子量: 16076.677 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1CC1, KIAA0203, RBICC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDY2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 1.0 M LiCl, 14% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→37.758 Å / Num. obs: 16476 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.657 % / Biso Wilson estimate: 135.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 11.02
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.17-3.363.7781.9890.5626240.2392.30398.4
3.36-3.593.6160.8141.4824710.6250.9598.1
3.59-3.883.7080.3743.2722990.9090.43497.9
3.88-4.243.8870.1617.6621620.9840.18698.3
4.24-4.743.7330.08813.4819230.9950.10197.9
4.74-5.463.3920.06516.7717060.9970.07795.8
5.46-6.673.7250.05521.414600.9970.06396.2
6.67-9.343.440.03134.0411590.9990.03695.2
9.34-37.7583.1090.02340.396720.9990.02789.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→37.758 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2948 1594 9.98 %
Rwork0.2665 --
obs0.2693 15973 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 271.65 Å2 / Biso mean: 153.9785 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→37.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5952 0 0 0 5952
残基数----758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.828156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041027
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1743729
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11D935X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
12C935X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
13E935X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
14B935X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
15A935X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
16F935X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
21F1805X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
22A1805X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
23B1805X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
24C1805X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
25D1805X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
26E1805X-RAY DIFFRACTION16.825TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2002-3.30340.39061320.41191297142998
3.3034-3.42140.42861510.38961307145898
3.4214-3.55830.36521390.37171282142198
3.5583-3.72010.36971440.32871303144798
3.7201-3.91610.38031450.31871291143698
3.9161-4.16110.32851470.30681310145798
4.1611-4.4820.28741430.26841311145498
4.482-4.93210.29511450.24721311145698
4.9321-5.64380.2821460.26691300144696
5.6438-7.10280.34191510.2881318146996
7.1028-37.76020.22651510.20761349150093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25440.96131.31562.36382.27241.6486-0.1109-0.47291.442-0.22750.02030.28421.0509-0.09510.42311.2568-0.0020.12171.85250.45070.947919.4606-11.871737.6353
27.4304-0.45153.29648.8485-0.472710.8864-0.16360.3721-0.6572-0.14850.3147-1.22790.89321.0039-0.12810.71790.18530.05240.9934-0.06360.818-31.2691-14.32818.6549
38.7263-2.9184-0.40899.9115-0.0465.60261.37241.77260.0672-0.7285-1.15240.5181-0.00580.2264-0.58111.28250.0731-0.00881.53470.40540.994119.7549-8.734828.6838
49.10980.4226-0.96257.3201-2.09969.82710.2587-1.6569-0.52362.1659-0.0101-1.40811.484-0.18940.22972.16090.1603-0.53851.45360.16141.1962-30.4439-26.948131.5087
57.4088-2.0262-2.03423.24582.77722.27720.9829-0.23380.4233-0.1511-0.0291-0.0109-1.1107-0.5275-0.81051.52460.13910.24451.27170.1560.609740.5911-14.874418.8493
611.1167-0.0811.8299.68121.91829.82060.5260.44840.0813-1.425-0.25651.4507-1.201-1.0206-0.23921.19560.1087-0.14351.03520.15371.122866.2315-58.7698-5.2094
73.81590.37463.924310.0974-2.54526.6094-0.1974-1.0567-2.06830.2571.38951.16220.4292-0.9876-1.19411.3043-0.10740.13131.17170.27150.819437.4334-19.597811.2326
88.9590.5339-0.217410.0478-3.6584.34060.218-0.73040.87661.6298-0.73960.2939-1.71230.25570.42211.6523-0.08710.03691.2081-0.26911.008479.1603-44.970113.2355
91.9802-0.15893.43955.32310.17172.66340.10980.8340.1675-1.93050.1485-0.5903-0.1564-0.2535-0.22951.6204-0.1230.29661.29010.13310.69434.1478-22.2911-6.1741
105.39840.03671.35355.6044-0.61220.88880.5711-0.53381.22430.67760.08430.8767-0.5419-0.2329-0.68041.86210.12940.59632.3224-0.01271.979554.5574-64.578223.0645
115.54520.26351.25132.68840.85968.2334-0.723-0.27740.09771.07721.2571-0.33280.66660.9321-0.68391.0543-0.11960.02590.9907-0.01130.689938.758-20.24862.0473
127.12983.80390.64423.39891.26161.2219-0.26990.52580.1345-0.71690.58392.1941-0.1161-1.7864-0.12411.31740.1542-0.31172.17420.29382.287540.6305-78.88175.6099
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and resid 1456 through 1486A1456 - 1486
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and resid 1495 through 1593A1495 - 1593
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and resid 1455 through 1486B1455 - 1486
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and resid 1495 through 1593B1495 - 1593
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and resid 1455 through 1486C1455 - 1486
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and resid 1495 through 1593C1495 - 1593
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and resid 1455 through 1486D1455 - 1486
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and resid 1495 through 1593D1495 - 1593
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and resid 1455 through 1486E1455 - 1486
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and resid 1495 through 1591E1495 - 1591
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and resid 1456 through 1485F1456 - 1485
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and resid 1495 through 1593F1495 - 1593

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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