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- PDB-5dmi: Structure of the extracellular domain of the CD40 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dmi
タイトルStructure of the extracellular domain of the CD40 in complex with CHI220 FAB
要素
  • Chi220 Fab heavy chain
  • Chi220 Fab light chain
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
キーワードIMMUNE SYSTEM/SIGNALING PROTEIN / CELL SURFACE RECEPTOR / ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEX / ANTITUMOR / IMMUNE SYSTEM-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein kinase C signaling / cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes ...positive regulation of protein kinase C signaling / cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / defense response to protozoan / response to cobalamin / B cell activation / B cell proliferation / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / response to type II interferon / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / antigen binding / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / platelet activation / cellular response to mechanical stimulus / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to tumor necrosis factor / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / protein-containing complex assembly / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / inflammatory response / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Functional Antagonism of Human CD40 Achieved by Targeting a Unique Species-Specific Epitope.
著者: Yamniuk, A.P. / Suri, A. / Krystek, S.R. / Tamura, J. / Ramamurthy, V. / Kuhn, R. / Carroll, K. / Fleener, C. / Ryseck, R. / Cheng, L. / An, Y. / Drew, P. / Grant, S. / Suchard, S.J. / ...著者: Yamniuk, A.P. / Suri, A. / Krystek, S.R. / Tamura, J. / Ramamurthy, V. / Kuhn, R. / Carroll, K. / Fleener, C. / Ryseck, R. / Cheng, L. / An, Y. / Drew, P. / Grant, S. / Suchard, S.J. / Nadler, S.G. / Bryson, J.W. / Sheriff, S.
履歴
登録2015年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
H: Chi220 Fab heavy chain
L: Chi220 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5475
ポリマ－67,3553
非ポリマー1922
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.152, 201.152, 63.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 / B-cell surface antigen CD40 / Bp50 / CD40L receptor / CDw40


分子量: 20084.449 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain residues 23-193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40, TNFRSF5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25942
#2: 抗体 Chi220 Fab heavy chain


分子量: 23908.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Chi220 Fab light chain


分子量: 23361.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHOR STATES THAT THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH ASN153 AND ASN180 (AND POST-TRANSLATIONAL ...THE AUTHOR STATES THAT THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH ASN153 AND ASN180 (AND POST-TRANSLATIONAL CARBOHYDRATE) AND THEN SUBJECTED TO PNGASE F CLEAVAGE WHICH REMOVES THE CARBOHYDRATE AND LEAVES ASP153 AND ASP180 RATHER THAN ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 80mM sodiym acetate, pH 4.6, 1.6 M ammonium sulfate, 20% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.69→201.15 Å / Num. obs: 14668 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.9 % / Biso Wilson estimate: 11.33 Å2 / Rsym value: 0.249 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 3.69→3.89 Å / 冗長度: 16.3 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Rejects: 0 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CD40 ENSEMBLE FROM 1JMA, 2UWI, 2AW2, 1NCF, 1TNR, 2HEV, 2HEY; VL FROM 3D85; VH FROM 2ZPK; CL:CH1 FROM 2O5X

1jma

2uwi

2aw2

1ncf

1tnr

2hev

2hey

3d85

2zpk

2o5x


解像度: 3.69→32.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9002 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8676 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.397
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 734 5.03 %RANDOM
Rwork0.1683 ---
obs0.1702 14605 99.77 %-
原子変位パラメータBiso max: 121.46 Å2 / Biso mean: 42.89 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.9003 Å20 Å20 Å2
2---8.9003 Å20 Å2
3---17.8005 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.372 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.69→32.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4001 0 10 1 4012
Biso mean--103.29 16.25 -
残基数----534
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1329SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes604HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4115HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion554SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4626SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4115HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5615HARMONIC21.39
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion25.24
LS精密化 シェル解像度: 3.69→3.98 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 152 5.18 %
Rwork0.172 2785 -
all0.175 2937 -
obs--98.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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