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- PDB-5b8i: Crystal structure of Calcineurin A and Calcineurin B in complex w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5b8i | ||||||
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Title | Crystal structure of Calcineurin A and Calcineurin B in complex with FKBP12 and FK506 from Coccidioides immitis RS | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / BERYLLIUM / PHOSPHATASE / CALCINEURIN / FKBP12 / FK506 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin-mediated signaling / protein-serine/threonine phosphatase / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding / calcium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents. Authors: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. ...Authors: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y.L. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. #1: ![]() Title: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents Authors: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...Authors: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 301 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 239.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6tz6C ![]() 6tz7C ![]() 6tz8C ![]() 1tcoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | Size exclusion chromatography indicates trimer |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 45097.133 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: RS / Gene: CIMG_06667 / Plasmid: pEMB36 / Production host: ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 19502.895 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: RS / Gene: CIMG_02704 / Plasmid: pEMB36 / Production host: ![]() |
#3: Protein | Mass: 14458.537 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: RS / Gene: CIMG_08666 / Production host: ![]() |
-Non-polymers , 7 types, 707 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FK5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FK5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||||
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#5: Chemical | ChemComp-FE / | ||||||||
#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Chemical | ChemComp-CA / #9: Chemical | ChemComp-FK5 / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: COCCIDIOIDES IMMITIS, COMPLEX NAMED COIMA.00174.A.GM11, AND COMPOSED OF CALCINEURIN A (COIMA.00174.A.GM11), CALCINEURIN B (COIMA.01011.A.GJ11), AND FKBP12 (COIMA.18272.A.GK11) PURIFIED IN ...Details: COCCIDIOIDES IMMITIS, COMPLEX NAMED COIMA.00174.A.GM11, AND COMPOSED OF CALCINEURIN A (COIMA.00174.A.GM11), CALCINEURIN B (COIMA.01011.A.GJ11), AND FKBP12 (COIMA.18272.A.GK11) PURIFIED IN THE PRESENCE OF FK506/ TACROLIMUS (PROTEIN BATCH #D00367) AT 10.81 MG/ML. PROTEIN BUFFER INCLUDES 25MM HEPES PH 8.0, 50 MM NACL, 5.0MM CACL2, 0.5MM TCEP, AND 5UM FK506. THE PROTEIN COMPLEX WAS CRYSTALLIZED AGAINST THE SPARSE MATRIX SCREEN PROPLEX V/V PROPANOL-1 AND CRYO-PROTECTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL; CRYSTAL TRACKING ID 261098D2 (HLC3-10), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2015 |
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 81827 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.39 % / Biso Wilson estimate: 26.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1TCO Resolution: 1.85→45.27 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 15.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→45.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.8718 Å / Phase error: 16.55
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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