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Yorodumi- PDB-6tz7: Crystal Structure of Aspergillus fumigatus Calcineurin A, Calcine... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tz7 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Aspergillus fumigatus Calcineurin A, Calcineurin B, FKBP12 and FK506 (Tacrolimus) | ||||||
Components |
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Keywords | Hydrolase/Isomerase/Calcium Binding / Calcineurin / FK506 / Hydrolase-Isomerase-Calcium Binding complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / fungal-type cell wall organization / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding ...calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / fungal-type cell wall organization / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding / calcium ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neosartorya fumigata (mold) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Fox III, D. / Horanyi, P.S. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents. Authors: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. ...Authors: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y.L. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. #1: Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents Authors: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...Authors: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6tz7.cif.gz | 261.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6tz7.ent.gz | 205.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6tz7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6tz7_validation.pdf.gz | 394.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6tz7_full_validation.pdf.gz | 395.7 KB | Display | |
Data in XML | 6tz7_validation.xml.gz | 2 KB | Display | |
Data in CIF | 6tz7_validation.cif.gz | 8.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/6tz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/6tz7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5b8iC 6tz6C 6tz8C 1tcoS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 44895.004 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (mold) Strain: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Gene: cnaA, AFUA_5G09360 / Plasmid: PEMB361 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): TNI References: UniProt: Q4WUR1, protein-serine/threonine phosphatase |
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#2: Protein | Mass: 19692.148 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (mold) Strain: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Gene: AFUA_6G04540 / Plasmid: PEMB361 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): TNI / References: UniProt: Q4WDF2 |
#3: Protein | Mass: 13956.677 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (mold) Strain: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Gene: fpr1A, AFUA_6G12170 / Plasmid: pEMB44 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q4WLV6, peptidylprolyl isomerase |
-Non-polymers , 7 types, 112 molecules
#4: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||
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#5: Chemical | ChemComp-FE / | ||||||
#6: Chemical | ChemComp-PO4 / | ||||||
#7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-FK5 / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: ASPERGILLUS FUMIGATUS VCID8013 [CALCINEURIN A], VCID8015 [CALCINEURIN B] AND VCID10288 [FKBP12] IN A SEC PURIFIED COMPLEX MEDIATED BY FK506/ TACROLIMUS AT 9.8 MG/ML [PROTEIN BATCH # 1393038]. ...Details: ASPERGILLUS FUMIGATUS VCID8013 [CALCINEURIN A], VCID8015 [CALCINEURIN B] AND VCID10288 [FKBP12] IN A SEC PURIFIED COMPLEX MEDIATED BY FK506/ TACROLIMUS AT 9.8 MG/ML [PROTEIN BATCH # 1393038]. PROTEIN BUFFER INCLUDES 25MM HEPES PH 8.0, 50 MM NACL, 5.0MM CACL2, AND 0.5MM TCEP. THE PROTEIN COMPLEX WAS CRYSTALLIZED AGAINST AN OPTIMIZATION SCREEN BASED ON THE SPARSE MATRIX SCREEN PACT CONDITION E9: 0.1M HEPES/NAOH, PH7.4, 0.2M POTASSIUM/SODIUM TARTRATE, 22.27% W/V PEG 3,350 AND CRYO-PROTECTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL PH range: 7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 6, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 25206 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 12 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.56 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1860 / CC1/2: 0.728 / Rrim(I) all: 0.81 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1TCO Resolution: 2.5→48.119 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.84
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→48.119 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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