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Yorodumi- PDB-6tz6: Crystal Structure of Candida Albicans Calcineurin A, Calcineurin ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6tz6 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Candida Albicans Calcineurin A, Calcineurin B, FKBP12 and FK506 (Tacrolimus) | ||||||
Components |
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Keywords | Hydrolase/Isomerase/Calcium Binding / Calcineurin / FK506 / antifungal / Hydrolase-Isomerase-Calcium Binding complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of homoserine biosynthetic process / : / myosin phosphatase activity / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / fungal biofilm matrix / macrolide binding / nonfunctional rRNA decay / protein-serine/threonine phosphatase / calcineurin-mediated signaling ...negative regulation of homoserine biosynthetic process / : / myosin phosphatase activity / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / fungal biofilm matrix / macrolide binding / nonfunctional rRNA decay / protein-serine/threonine phosphatase / calcineurin-mediated signaling / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / calmodulin binding / calcium ion binding / extracellular region / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Candida albicans (yeast) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Fox III, D. / Lukacs, C.M. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019Title: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents. Authors: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. ...Authors: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y.L. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. #1: Journal: Nat Commun / Year: 2019Title: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents Authors: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...Authors: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6tz6.cif.gz | 510.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6tz6.ent.gz | 414.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6tz6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6tz6_validation.pdf.gz | 474.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6tz6_full_validation.pdf.gz | 478.5 KB | Display | |
| Data in XML | 6tz6_validation.xml.gz | 2.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6tz6_validation.cif.gz | 16.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/6tz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/6tz6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5b8iC ![]() 6tz7C ![]() 6tz8C ![]() 1tcoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 6 molecules ADBECF
| #1: Protein | Mass: 47252.438 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (strain WO-1) (yeast) / Strain: WO-1 / Gene: CAWG_01301 / Plasmid: PEMB40 / Production host: ![]() References: UniProt: C4YFI3, protein-serine/threonine phosphatase #2: Protein | Mass: 19453.877 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (strain WO-1) (yeast) / Strain: WO-1 / Gene: CAWG_04882 / Plasmid: PET15B / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 13563.345 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (yeast)Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 Gene: RBP1, RBP11, CaO19.11186, CaO19.3702, RBP2, RBP12, CAALFM_C702570CA, CaJ7.0299, CaO19.13810, CaO19.6452 Plasmid: pET15b / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 299 molecules 












| #4: Chemical | | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-CA / #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.79 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.29 Details: CANDIDA ALBICANS VCID8024 [CALCINEURIN A FUSED TO CALCINEURIN B] AND R8065 [FKBP12] IN A SEC PURIFIED COMPLEX MEDIATED BY FK506/TACROLIMUS AT 10.2 MG/ ML AND SUPPLEMENTED WITH 25.6UM R8065 ...Details: CANDIDA ALBICANS VCID8024 [CALCINEURIN A FUSED TO CALCINEURIN B] AND R8065 [FKBP12] IN A SEC PURIFIED COMPLEX MEDIATED BY FK506/TACROLIMUS AT 10.2 MG/ ML AND SUPPLEMENTED WITH 25.6UM R8065 AND 32UM FK506. PROTEIN BUFFER INCLUDES 10MM TRIS PH 7.5, 50 MM NACL, 1.0MM CACL2. THE PROTEIN COMPLEX WAS CRYSTALLIZED AGAINST OPTIMIZATION SCREEN AMP_PROPLEX_A10 (OPT SCREEN BASED ON PROPLEX CONDITION A10) WELL B7: 0.1M TRIS-HCL, 15.91% PEG 2,000 MME, 0.1M POTASSIUM CHLORIDE, AND CRYO-PROTECTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL PH range: 7.29 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. obs: 51429 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 16.87 |
| Reflection shell | Resolution: 2.55→2.62 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 3787 / CC1/2: 0.826 / Rrim(I) all: 0.635 / % possible all: 99.2 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1TCO Resolution: 2.55→34.996 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.03
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→34.996 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Candida albicans (yeast)
X-RAY DIFFRACTION
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