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万見
- PDB-4jlr: Crystal structure of a designed Respiratory Syncytial Virus Immun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jlr
タイトルCrystal structure of a designed Respiratory Syncytial Virus Immunogen in complex with Motavizumab
要素
  • Motavizumab Fab heavy chain
  • Motavizumab Fab light chain
  • RSV_1Isea designed scaffold
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / designed immunogen / Specific Binding / RSV F protein
機能・相同性Ribosome-recycling factor / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Rupert, P.B. / Correia, B. / Schief, W. / Strong, R.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Proof of principle for epitope-focused vaccine design.
著者: Correia, B.E. / Bates, J.T. / Loomis, R.J. / Baneyx, G. / Carrico, C. / Jardine, J.G. / Rupert, P. / Correnti, C. / Kalyuzhniy, O. / Vittal, V. / Connell, M.J. / Stevens, E. / Schroeter, A. / ...著者: Correia, B.E. / Bates, J.T. / Loomis, R.J. / Baneyx, G. / Carrico, C. / Jardine, J.G. / Rupert, P. / Correnti, C. / Kalyuzhniy, O. / Vittal, V. / Connell, M.J. / Stevens, E. / Schroeter, A. / Chen, M. / Macpherson, S. / Serra, A.M. / Adachi, Y. / Holmes, M.A. / Li, Y. / Klevit, R.E. / Graham, B.S. / Wyatt, R.T. / Baker, D. / Strong, R.K. / Crowe, J.E. / Johnson, P.R. / Schief, W.R.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32014年4月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.42014年12月17日Group: Data collection
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Motavizumab Fab heavy chain
L: Motavizumab Fab light chain
S: RSV_1Isea designed scaffold
A: Motavizumab Fab heavy chain
B: Motavizumab Fab light chain
C: RSV_1Isea designed scaffold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,7777
ポリマ－123,5396
非ポリマー2381
水1,76598
1
H: Motavizumab Fab heavy chain
L: Motavizumab Fab light chain
S: RSV_1Isea designed scaffold


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7703
ポリマ－61,7703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Motavizumab Fab heavy chain
B: Motavizumab Fab light chain
C: RSV_1Isea designed scaffold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0084
ポリマ－61,7703
非ポリマー2381
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.159, 158.511, 116.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Motavizumab Fab heavy chain


分子量: 24226.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Motavizumab Fab light chain


分子量: 23092.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 RSV_1Isea designed scaffold


分子量: 14450.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% PEG 1000, 0.1M lithium sulfate, 0.04M phosphate-citrate, 2% glycerol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.111
シンクロトロンALS 5.0.121
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年5月31日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2012年7月19日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single crystal, cylindrically bent, Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Single crystal, cylindrically bent, Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 37548 / Num. obs: 37515 / % possible obs: 99.91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→45.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 26.628 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24926 1867 5 %RANDOM
Rwork0.19134 ---
obs0.19424 35615 99.32 %-
all-37548 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.95 Å20 Å20 Å2
2--2.04 Å20 Å2
3---1.92 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.752 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→45.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7806 0 12 98 7916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.028002
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2281.95310890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7283.00216988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65551033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54724.492305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.255151252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9961530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021758
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 124 -
Rwork0.238 2465 -
obs--94.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.83130.5750.13482.2652-1.55834.1968-0.37641.17210.1891-0.56360.1310.3265-0.12520.51310.24530.2381-0.1093-0.17460.69840.01840.144731.63150.927-4.684
25.43011.77530.31423.4126-0.71623.3783-0.3063-0.0780.63210.14510.0915-0.0762-0.51530.72110.21480.1072-0.041-0.08930.5414-0.08390.130553.8558.15319.699
315.2346-11.7152.005413.487-3.0070.78711.22521.4051.0328-0.2929-0.94470.561-0.23720.2961-0.28051.3014-0.1108-0.09691.3010.11810.62562.51966.731-17.976
43.0191-0.5795-0.53511.86081.22912.6859-0.0059-0.1083-0.01410.41760.0883-0.16770.1790.0673-0.08230.117-0.0186-0.06610.14920.06230.0616-18.17450.9276.032
51.7733-1.3199-1.66183.36171.70625.73850.03140.38450.1139-0.3836-0.14130.7058-0.5608-0.60490.10990.1416-0.0594-0.13290.30110.09460.2751-4465.365-10.769
611.96796.82420.187511.44672.93994.30330.5782-0.88160.49361.24530.1719-1.2762-0.20740.8055-0.75010.38590.031-0.31070.5515-0.19540.605211.00258.25319.087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 106
3X-RAY DIFFRACTION2A120 - 213
4X-RAY DIFFRACTION2B107 - 210
5X-RAY DIFFRACTION3C8 - 110
6X-RAY DIFFRACTION4H1 - 122
7X-RAY DIFFRACTION4L1 - 107
8X-RAY DIFFRACTION5H123 - 213
9X-RAY DIFFRACTION5L108 - 210
10X-RAY DIFFRACTION6S4 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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