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Yorodumi- PDB-4jlr: Crystal structure of a designed Respiratory Syncytial Virus Immun... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jlr | ||||||
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Title | Crystal structure of a designed Respiratory Syncytial Virus Immunogen in complex with Motavizumab | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / designed immunogen / Specific Binding / RSV F protein | ||||||
Function / homology | Ribosome-recycling factor / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.71 Å | ||||||
Authors | Rupert, P.B. / Correia, B. / Schief, W. / Strong, R.K. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Proof of principle for epitope-focused vaccine design. Authors: Correia, B.E. / Bates, J.T. / Loomis, R.J. / Baneyx, G. / Carrico, C. / Jardine, J.G. / Rupert, P. / Correnti, C. / Kalyuzhniy, O. / Vittal, V. / Connell, M.J. / Stevens, E. / Schroeter, A. ...Authors: Correia, B.E. / Bates, J.T. / Loomis, R.J. / Baneyx, G. / Carrico, C. / Jardine, J.G. / Rupert, P. / Correnti, C. / Kalyuzhniy, O. / Vittal, V. / Connell, M.J. / Stevens, E. / Schroeter, A. / Chen, M. / Macpherson, S. / Serra, A.M. / Adachi, Y. / Holmes, M.A. / Li, Y. / Klevit, R.E. / Graham, B.S. / Wyatt, R.T. / Baker, D. / Strong, R.K. / Crowe, J.E. / Johnson, P.R. / Schief, W.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jlr.cif.gz | 404.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jlr.ent.gz | 345.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jlr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4jlr_validation.pdf.gz | 470.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4jlr_full_validation.pdf.gz | 475.9 KB | Display | |
Data in XML | 4jlr_validation.xml.gz | 36.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4jlr_validation.cif.gz | 50.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jlr | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24226.361 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23092.695 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) #3: Protein | Mass: 14450.532 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Chemical | ChemComp-1PE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.2 Details: 20% PEG 1000, 0.1M lithium sulfate, 0.04M phosphate-citrate, 2% glycerol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. all: 37548 / Num. obs: 37515 / % possible obs: 99.91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 19.5 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.71→45.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 26.628 / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.325 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 74.54 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.752 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.71→45.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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