PDB-4n9g: Crystal Structure of a Computationally Designed RSV-Presenting Ep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n9g

タイトル

Crystal Structure of a Computationally Designed RSV-Presenting Epitope Scaffold And Its Elicited Antibody 17HD9

要素

Antibody 17HD9, Heavy Chain
Antibody 17HD9, Light Chain
Epitope Scaffold rsv_1isea_FFL_001_C

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Hairpin / Epitope Scaffold

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Macaca mulatta (アカゲザル)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Carrico, C.T.D. / Strong, R.K.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Proof of principle for epitope-focused vaccine design.
著者: Correia, B.E. / Bates, J.T. / Loomis, R.J. / Baneyx, G. / Carrico, C. / Jardine, J.G. / Rupert, P. / Correnti, C. / Kalyuzhniy, O. / Vittal, V. / Connell, M.J. / Stevens, E. / Schroeter, A. / ...

履歴

登録	2013年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4n9g.ent.gz	580.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n9g_validation.pdf.gz	519.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n9g_full_validation.pdf.gz	548.5 KB	表示
XML形式データ	4n9g_validation.xml.gz	63 KB	表示
CIF形式データ	4n9g_validation.cif.gz	86.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/4n9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/4n9g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jlrC 4l8iC 3eo9S 3q6gS 3qhzS 3sobS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5e8d-d 3sf4-2 3sf4-1 6ywc-2 6z7z-2 6z7y-2 3qwo-2 4lmq-1 5u3j-d 6vtw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antibody 17HD9, Heavy Chain

B: Antibody 17HD9, Light Chain

C: Epitope Scaffold rsv_1isea_FFL_001_C

D: Epitope Scaffold rsv_1isea_FFL_001_C

E: Antibody 17HD9, Heavy Chain

F: Antibody 17HD9, Light Chain

H: Antibody 17HD9, Heavy Chain

L: Antibody 17HD9, Light Chain

M: Antibody 17HD9, Heavy Chain

N: Antibody 17HD9, Light Chain

Y: Epitope Scaffold rsv_1isea_FFL_001_C

Z: Epitope Scaffold rsv_1isea_FFL_001_C

250 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Antibody 17HD9, Heavy Chain

B: Antibody 17HD9, Light Chain

C: Epitope Scaffold rsv_1isea_FFL_001_C

登録者が定義した集合体
62.4 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Epitope Scaffold rsv_1isea_FFL_001_C

E: Antibody 17HD9, Heavy Chain

F: Antibody 17HD9, Light Chain

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62.4 kDa, 3 ポリマー
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3

H: Antibody 17HD9, Heavy Chain

L: Antibody 17HD9, Light Chain

Y: Epitope Scaffold rsv_1isea_FFL_001_C

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4

M: Antibody 17HD9, Heavy Chain

N: Antibody 17HD9, Light Chain

Z: Epitope Scaffold rsv_1isea_FFL_001_C

登録者が定義した集合体
62.4 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.213, 89.266, 104.304
Angle α, β, γ (deg.)	89.99, 102.73, 89.91
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	H
2	1	M
1	2	L
2	2	N
1	3	A
2	3	E
1	4	B
2	4	F
1	5	C
2	5	D
1	6	Y
2	6	Z

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	H	1 - 999
2	1	1	4	M	1 - 999
1	1	2	4	L	1 - 999
2	1	2	4	N	1 - 999
1	1	3	4	A	1 - 999
2	1	3	4	E	1 - 999
1	1	4	4	B	1 - 999
2	1	4	4	F	1 - 999
1	1	5	4	C	1 - 999
2	1	5	4	D	1 - 999
1	1	6	4	Y	1 - 999
2	1	6	4	Z	1 - 999

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: 抗体	Antibody 17HD9, Heavy Chain 分子量: 24461.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Antibody 17HD9, Light Chain 分子量: 23512.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	Epitope Scaffold rsv_1isea_FFL_001_C 分子量: 14450.532 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 遺伝子: Computationally designed variant of Ribosomal Recycling Factor プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 14% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月18日
放射	モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.75 Å / Num. all: 78170 / Num. obs: 76354 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.89 % / R_merge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 17HD9 N TERMINAL DOMAIN PAIR: PDB ENTRY 3Q6G AND 3EO9. 17HD9 C TERMINAL DOMAIN PAIR: PDB ENTRY 3QHZ AND 3SOB. SCAFFOLD: UNPUBLISHED CRYSTAL STRUCTURE OF UNBOUND SCAFFOLD ALL MODELS ...
解像度: 2.5→48.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.864 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.829 / SU B: 23.784 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.649 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29516	3829	5 %	RANDOM
R_work	0.26335	-	-	-
all	0.26496	76354	-	-
obs	0.26496	72525	97.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.108 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	-0.04 Å²	-0.02 Å²
2-	-	-0.02 Å²	-0.05 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14202	0	0	59	14261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	14537
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9526
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.961	1.955	19805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.74	3	23409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.836	5	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.873	24.908	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.612	15	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.563	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	16209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.332	2	9426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.048	2	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.622	3	15241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.754	4	5111
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.192	6	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	H	2703	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
1	H	2703	MEDIUM THERMAL	0.12	2
2	L	2704	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	L	2704	MEDIUM THERMAL	0.14	2
3	A	2666	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
3	A	2666	MEDIUM THERMAL	0.12	2
4	B	2687	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
4	B	2687	MEDIUM THERMAL	0.13	2
5	C	414	MEDIUM POSITIONAL	0.4	0.5
5	C	414	MEDIUM THERMAL	0.14	2
6	Y	435	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
6	Y	435	MEDIUM THERMAL	0.19	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	264	-
R_work	0.315	5430	-
obs	-	5430	97.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.821	0.5904	1.9586	2.6883	-0.7126	3.2693	-0.2809	-0.0625	0.1182	-0.0613	-0.1092	0.2525	-0.43	-0.0921	0.3901	0.1862	-0.0138	-0.0432	0.044	-0.0234	0.1649	26.1007	-62.015	34.3363
2	2.9169	1.9737	0.7861	4.5347	0.1794	1.4705	-0.0934	0.0783	0.0041	-0.0914	0.1125	0.1322	-0.0499	0.0264	-0.0191	0.0395	0.0137	-0.0212	0.1515	0.0046	0.0897	8.3516	-80.9445	9.6627
3	2.2415	0.7957	0.7276	2.5896	-1.2276	2.3502	0.0073	0.1192	0.0811	-0.0559	0.0003	0.0175	0.0879	0.2476	-0.0076	0.0609	0.0416	0.0173	0.1089	0.0107	0.0898	32.8675	-82.0083	37.2271
4	1.3072	0.068	-0.2978	2.1504	-0.719	4.6897	0.0154	0.042	-0.0696	-0.0081	-0.0393	-0.0692	0.2633	0.0206	0.0239	0.0367	-0.0185	-0.0387	0.0909	-0.0228	0.1187	20.4335	-89.5315	3.9013
5	2.6396	1.6221	-2.7136	1.1196	-0.1047	21.1059	0.0533	-0.0649	-0.2105	0.0354	-0.0333	-0.0896	-0.8763	0.7706	-0.0201	0.2833	-0.2086	-0.0386	0.1714	0.0513	0.1407	41.9365	-59.4871	54.7514
6	4.7553	-2.3281	-0.3585	1.4183	-3.1946	23.4453	-0.1151	-0.0608	0.068	0.1333	0.0237	-0.0406	-1.1958	-0.6551	0.0914	0.3745	0.2495	-0.0655	0.147	-0.0565	0.0736	7.3754	-14.3931	-59.1563
7	1.9814	-0.5132	1.5671	2.1556	1.0559	3.6825	-0.2481	-0.0049	0.0844	0.0175	-0.0765	-0.2143	-0.5129	0.0186	0.3246	0.2156	0.046	-0.0515	0.0591	0.0173	0.1646	22.5266	-17.3352	-39.6386
8	1.924	-0.8339	0.9357	3.324	-0.4928	2.0773	-0.0895	-0.0861	0.057	-0.0458	0.0792	-0.131	-0.0501	0.0343	0.0104	0.0587	0.0165	-0.006	0.098	-0.008	0.0992	39.8667	-35.3809	-15.8808
9	2.3696	-1.0534	1.1102	2.8352	0.9988	2.1152	0.0528	-0.1022	0.0268	-0.0082	-0.1112	0.0936	0.0845	-0.229	0.0583	0.0605	-0.0003	0.013	0.1148	-0.0125	0.1051	16.0001	-37.5246	-42.4181
10	1.1771	-0.6431	-0.5888	2.1914	0.2991	3.6087	-0.0352	-0.0341	-0.1026	0.1159	-0.0434	0.1319	0.2218	-0.1036	0.0787	0.032	0.0142	-0.0189	0.1132	0.0105	0.1191	28.3003	-44.9001	-9.1534
11	0.7628	-0.1211	-0.9946	1.7514	-1.2293	4.6176	0.0647	0.038	-0.029	-0.1058	-0.0107	0.0753	0.3359	-0.1637	-0.054	0.1123	0.0327	-0.0131	0.073	0.0095	0.1104	53.8833	-95.5081	-34.1935
12	1.6522	-0.3266	0.0082	3.7468	0.3948	2.5288	0.0548	-0.1459	0.1318	-0.0735	-0.0837	0.2587	-0.0497	-0.1612	0.0289	0.0052	0.0075	0.0176	0.1273	0.0037	0.1528	39.858	-79.4286	-7.2331
13	0.2222	-0.1798	-0.4153	0.3547	0.4208	2.555	0.0425	-0.0342	0.0178	-0.0585	-0.0431	-0.1105	-0.1391	0.1262	0.0006	0.0626	0.0068	0.0205	0.079	0.0194	0.1682	58.8681	-74.3924	-26.1642
14	0.7174	-0.5332	1.0395	1.559	-0.5507	4.6687	-0.0619	0.0023	0.0434	0.0923	0.008	-0.0475	-0.115	0.1826	0.0539	0.0777	-0.0014	0.0093	0.0906	-0.0091	0.1428	53.2825	-70.9423	1.3117
15	1.0578	0.2897	-0.8699	1.9023	1.9018	5.0402	0.0732	-0.0187	-0.0333	0.1723	0.0167	-0.1069	0.2752	0.2156	-0.0899	0.1056	-0.0212	-0.0184	0.0791	-0.0046	0.1302	59.011	-51.0361	28.9308
16	1.8522	0.4558	-0.498	3.4351	-1.0033	2.8575	0.0441	0.1099	0.1152	-0.0209	-0.0555	-0.224	-0.0317	0.1488	0.0114	0.0159	0.025	0.023	0.1228	0.0065	0.1306	73.147	-34.725	2.1241
17	1.2688	0.5009	-0.7813	2.7866	-0.4616	1.7514	0.0418	0.0454	0.0488	0.0453	-0.0307	0.1637	-0.1187	-0.1042	-0.0112	0.0664	0.0149	0.0317	0.117	-0.0017	0.1372	51.1433	-31.1654	30.541
18	1.3274	0.2046	0.8146	1.6681	0.6069	4.4335	-0.0538	0.0298	0.0447	-0.0585	0.0003	0.1166	-0.1415	-0.116	0.0535	0.0495	-0.0039	0.0199	0.067	0.024	0.1306	60.6625	-26.1907	-4.8155
19	0.2787	0.8576	1.3063	3.0376	1.1558	15.5338	0.0089	-0.0403	0.0685	-0.3092	-0.1016	-0.0098	0.3896	0.4511	0.0927	0.265	0.2328	0.0251	0.2114	-0.0398	0.1609	65.7073	-95.752	-56.1328
20	3.4868	1.1553	0.9456	6.3622	0.5678	7.8596	0.3136	0.0191	0.1328	0.4327	-0.4986	0.0625	0.4735	-0.3829	0.185	0.2427	-0.2009	0.0323	0.193	-0.0088	0.0853	47.4832	-51.613	48.392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	110 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	107 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	63 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	62 - 95
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	1 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	105 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	2 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	107 - 213
11	X-RAY DIFFRACTION	11	H	1 - 113
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	114 - 214
13	X-RAY DIFFRACTION	13	L	1 - 149
14	X-RAY DIFFRACTION	14	L	150 - 214
15	X-RAY DIFFRACTION	15	M	2 - 125
16	X-RAY DIFFRACTION	16	M	126 - 225
17	X-RAY DIFFRACTION	17	N	1 - 107
18	X-RAY DIFFRACTION	18	N	108 - 213
19	X-RAY DIFFRACTION	19	Y	63 - 95
20	X-RAY DIFFRACTION	20	Z	62 - 87

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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