[日本語] English
万見
- PDB-6v8q: Structure of an inner membrane protein required for PhoPQ regulat... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v8q
タイトルStructure of an inner membrane protein required for PhoPQ regulated increases in outer membrane cardiolipin
要素Inner membrane protein YejM
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PbgA / CL transport / PhoPQ / outer membrane barrier
機能・相同性
機能・相同性情報


Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM, N-terminal / : / Domain of unknown function (DUF3413) / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-QSR / Inner membrane protein YejM
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69958498172 Å
データ登録者Fan, J. / Miller, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1AI030479 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structure of an Inner Membrane Protein Required for PhoPQ-Regulated Increases in Outer Membrane Cardiolipin.
著者: Fan, J. / Petersen, E.M. / Hinds, T.R. / Zheng, N. / Miller, S.I.
履歴
登録2019年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Inner membrane protein YejM
B: Inner membrane protein YejM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,19011
ポリマ－136,1072
非ポリマー7,0839
水00
1
A: Inner membrane protein YejM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6156
ポリマ－68,0531
非ポリマー3,5625
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Inner membrane protein YejM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5755
ポリマ－68,0531
非ポリマー3,5224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.831, 64.847, 146.364
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 97.657, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Inner membrane protein YejM / PbgA


分子量: 68053.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
遺伝子: yejM, STM2228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40709
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-QSR / (9Z,21R,24R,30R,33R,44Z)-24,27,30-trihydroxy-18,24,30,36-tetraoxo-19,23,25,29,31,35-hexaoxa-24lambda~5~,30lambda~5~-dip hosphatripentaconta-9,44-diene-21,33-diyl (9Z,9'Z)di-octadec-9-enoate / tetraoleyl-cardiolipin / テトラオレオイルカルジオリピン


分子量: 1457.995 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H150O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.4 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES (pH 6.5), and 10% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 53782 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 53.9684885527 Å2 / Rpim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 763 / CC1/2: 0.31

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PbgA periplasmic domain

解像度: 2.69958498172→48.342488687 Å / SU ML: 0.37638269452 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35423336696 / 位相誤差: 36.5142096275
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291137215812 2716 5.05001673422 %
Rwork0.238587401325 51066 -
obs0.241307653313 53782 76.7185427157 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.3367581053 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69958498172→48.342488687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8973 0 286 0 9259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00976382280199492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5728065493412911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06391194267451449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009445058964381606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.65856260263328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6996-2.74870.381055325281130.289256518938201X-RAY DIFFRACTION5.93784683685
2.7487-2.80150.238087599173320.293247127124517X-RAY DIFFRACTION14.9225332971
2.8015-2.85870.339694009321540.281695315934796X-RAY DIFFRACTION23.4612199834
2.8587-2.92090.289987182152760.3134031779861306X-RAY DIFFRACTION37.7905386929
2.9209-2.98880.396381104577870.3193074329151846X-RAY DIFFRACTION52.7565502183
2.9888-3.06350.3334295488121180.3292413300742240X-RAY DIFFRACTION64.4967177243
3.0635-3.14630.354732878781300.3117325124142625X-RAY DIFFRACTION75.4174650972
3.1463-3.23890.389304598141530.3114992300393057X-RAY DIFFRACTION86.3599677159
3.2389-3.34340.334270610161450.2868940552883374X-RAY DIFFRACTION96.7821782178
3.3434-3.46290.3323556730951810.2561615923933476X-RAY DIFFRACTION99.5102040816
3.4629-3.60150.2894086309441860.2322146858713497X-RAY DIFFRACTION99.6213145794
3.6015-3.76540.2907086271351700.2290880463063482X-RAY DIFFRACTION99.4011976048
3.7654-3.96380.2863822093991990.2196110021133449X-RAY DIFFRACTION99.5361527967
3.9638-4.2120.2643544923481750.202522429763494X-RAY DIFFRACTION99.4848156182
4.212-4.5370.2177691334291970.1785619489923498X-RAY DIFFRACTION99.5152168058
4.537-4.99310.2327275678831970.1704568859073509X-RAY DIFFRACTION99.5968825585
4.9931-5.71470.2566801406871930.2140391786593506X-RAY DIFFRACTION99.7841920691
5.7147-7.19610.2559584437991920.2729107582883570X-RAY DIFFRACTION99.8937865109
7.1961-48.340.341904069892180.2605432851653623X-RAY DIFFRACTION99.3019648397
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 140.315222582 Å / Origin y: -9.40515681879 Å / Origin z: 336.286619625 Å
111213212223313233
T0.333926257296 Å20.0289944236182 Å2-0.0482347584757 Å2-0.29098186035 Å2-0.0256325714667 Å2--0.245939888027 Å2
L0.446410536448 °20.0528740412141 °20.106468155748 °2-0.657123385316 °20.0774801419257 °2--0.27753866925 °2
S-0.00661260648592 Å °0.193960452083 Å °-0.0429849619068 Å °-0.280079624851 Å °0.0404610241692 Å °0.0902676606053 Å °-0.0313415142461 Å °-0.0418960110804 Å °-0.0374906768299 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る