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Yorodumi- PDB-7ean: immune complex of SARS-CoV-2 RBD and cross-neutralizing antibody 6D6 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ean | ||||||
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Title | immune complex of SARS-CoV-2 RBD and cross-neutralizing antibody 6D6 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Receptor binding domain / neutralizing antibody / immune complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.91 Å | ||||||
Authors | Li, T.T. / Gu, Y. / Li, S.W. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Cross-neutralizing antibodies bind a SARS-CoV-2 cryptic site and resist circulating variants. Authors: Li, T. / Xue, W. / Zheng, Q. / Song, S. / Yang, C. / Xiong, H. / Zhang, S. / Hong, M. / Zhang, Y. / Yu, H. / Zhang, Y. / Sun, H. / Huang, Y. / Deng, T. / Chi, X. / Li, J. / Wang, S. / Zhou, ...Authors: Li, T. / Xue, W. / Zheng, Q. / Song, S. / Yang, C. / Xiong, H. / Zhang, S. / Hong, M. / Zhang, Y. / Yu, H. / Zhang, Y. / Sun, H. / Huang, Y. / Deng, T. / Chi, X. / Li, J. / Wang, S. / Zhou, L. / Chen, T. / Wang, Y. / Cheng, T. / Zhang, T. / Yuan, Q. / Zhao, Q. / Zhang, J. / McLellan, J.S. / Zhou, Z.H. / Zhang, Z. / Li, S. / Gu, Y. / Xia, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ean.cif.gz | 364.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ean.ent.gz | 301.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ean.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ean_validation.pdf.gz | 780.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7ean_full_validation.pdf.gz | 789.8 KB | Display | |
Data in XML | 7ean_validation.xml.gz | 25.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7ean_validation.cif.gz | 35.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/7ean ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/7ean | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25122.336 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P0DTC2 |
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#2: Antibody | Mass: 23743.328 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
#3: Antibody | Mass: 23325.701 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: evaporation / Details: 0.2M sodium sulfocyanate, 20%PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 2, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.91→30.08 Å / Num. obs: 119757 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 42.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 2.7 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.91→1.96 Å / Num. unique obs: 6201 / CC1/2: 0.402 / Rpim(I) all: 0.913 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6M0J, 1WEJ Resolution: 1.91→29.251 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 220.1 Å2 / Biso mean: 64.0735 Å2 / Biso min: 30.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.91→29.251 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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