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万見
- PDB-6y6o: Structure of mature activin A with small molecule 42 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y6o
タイトルStructure of mature activin A with small molecule 42
要素Inhibin beta A chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / activin A / TGF-beta / growth factor / FBDD / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


activin A complex / inhibin A complex / cardiac fibroblast cell development / androst-4-ene-3,17-dione biosynthetic process / negative regulation of B cell differentiation / regulation of follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of ovulation / negative regulation of follicle-stimulating hormone secretion / GABAergic neuron differentiation / Antagonism of Activin by Follistatin ...activin A complex / inhibin A complex / cardiac fibroblast cell development / androst-4-ene-3,17-dione biosynthetic process / negative regulation of B cell differentiation / regulation of follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of ovulation / negative regulation of follicle-stimulating hormone secretion / GABAergic neuron differentiation / Antagonism of Activin by Follistatin / TGFBR3 regulates activin signaling / type II activin receptor binding / progesterone secretion / Sertoli cell differentiation / striatal medium spiny neuron differentiation / enzyme activator complex / Glycoprotein hormones / negative regulation of macrophage differentiation / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / cellular response to oxygen-glucose deprivation / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of phosphorylation / testosterone biosynthetic process / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to cholesterol / SMAD protein signal transduction / Signaling by BMP / Signaling by Activin / activin receptor signaling pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / mesodermal cell differentiation / odontogenesis / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / response to aldosterone / endodermal cell differentiation / eyelid development in camera-type eye / roof of mouth development / negative regulation of type II interferon production / peptide hormone binding / positive regulation of protein metabolic process / androgen metabolic process / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of SMAD protein signal transduction / cellular response to angiotensin / hair follicle development / hematopoietic progenitor cell differentiation / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway / erythrocyte differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / cytokine activity / growth factor activity / defense response / negative regulation of cell growth / cytokine-mediated signaling pathway / hormone activity / autophagy / male gonad development / nervous system development / cell-cell signaling / cellular response to hypoxia / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Inhibin, beta A subunit / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OCK / Inhibin beta A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者McLoughlin, J.D. / Brear, P.B. / Reinhardt, T. / Spring, D.R. / Hyvonen, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Demonstration of the utility of DOS-derived fragment libraries for rapid hit derivatisation in a multidirectional fashion
著者: Kidd, S.L. / Fowler, E. / Reinhardt, T. / Compton, T. / Mateu, N. / Newman, H. / Bellini, D. / Talon, R. / McLoughlin, J. / Krojer, T. / Aimon, A. / Bradley, A. / Fairhead, M. / Brear, P. / ...著者: Kidd, S.L. / Fowler, E. / Reinhardt, T. / Compton, T. / Mateu, N. / Newman, H. / Bellini, D. / Talon, R. / McLoughlin, J. / Krojer, T. / Aimon, A. / Bradley, A. / Fairhead, M. / Brear, P. / Diaz-Saez, L. / McAuley, K. / Sore, H.F. / Madin, A. / O'Donovan, D.H. / Huber, K.V.M. / Hyvonen, M. / Dowson, C.G. / Spring, D.R.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibin beta A chain
B: Inhibin beta A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7248
ポリマ－25,9842
非ポリマー7416
水88349
1
A: Inhibin beta A chain
B: Inhibin beta A chain
ヘテロ分子

A: Inhibin beta A chain
B: Inhibin beta A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,44916
ポリマ－51,9674
非ポリマー1,48112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area24270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.050, 96.938, 117.242
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Inhibin beta A chain / Activin beta-A chain / Erythroid differentiation protein / EDF


分子量: 12991.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INHBA / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08476
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-OCK / (3~{R})-4-ethyl-3-methyl-3-propyl-1~{H}-1,4-benzodiazepine-2,5-dione


分子量: 260.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.65 M (NH4)2SO4, 4 % PEG 300, 100 mM Hepes pH 7.4, 2 % DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97859 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→74.71 Å / Num. obs: 23146 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.206 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 199275 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.04-2.158.92.89434320.4871.0083.068100
6.44-74.717.30.0638290.9980.0240.06899.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2arv

2arv


解像度: 2.04→74.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.238 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.156
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1118 4.9 %RANDOM
Rwork0.2233 ---
obs0.2248 21896 96.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 134.88 Å2 / Biso mean: 54.307 Å2 / Biso min: 23.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.86 Å2-0 Å20 Å2
2---1.02 Å2-0 Å2
3---3.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→74.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1775 0 44 50 1869
Biso mean--69.54 45.92 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1651.9422547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.16533911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4485225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26824.33783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.13715313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.529156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02440
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.089 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 77 -
Rwork0.406 1597 -
obs--96.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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