+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3d0u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Lysine Riboswitch Bound to Lysine | ||||||
![]() | Lysine Riboswitch RNA | ||||||
![]() | RNA / RNA-ligand complex / riboswitch | ||||||
Function / homology | IRIDIUM HEXAMMINE ION / LYSINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garst, A.D. / Heroux, A. / Rambo, R.P. / Batey, R.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the lysine riboswitch regulatory mRNA element. Authors: Garst, A.D. / Heroux, A. / Rambo, R.P. / Batey, R.T. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 100.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 73 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: RNA chain | Mass: 52465.289 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Ligand binding domain / Source method: obtained synthetically / Details: sequence occurs naturally in Thermotoga Maritima | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-LYS / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.64 Å3/Da / Density % sol: 73.5 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | Temperature: 303 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 2 M Li2SO4, 5 mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K | ||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 28, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.105 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5 % / Av σ(I) over netI: 13.5 / Number: 122605 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 2.35 / D res high: 2.7 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 24657 / % possible obs: 95.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→40 Å / Num. obs: 24657 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 2.353 / Net I/σ(I): 13.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Num. unique all: 1601 / Χ2: 0.404 / % possible all: 61.4 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 8.453 Å2 / ksol: 0.208 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 16.66 Å2 / Biso mean: 54.61 Å2 / Biso min: 549.57 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→32.619 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
|