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- PDB-5kzc: Crystal structure of an HIV-1 gp120 engineered outer domain with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kzc | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of an HIV-1 gp120 engineered outer domain with a Man9 glycan at position N276, in complex with broadly neutralizing antibody VRC01 | ||||||||||||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HIV / Env / gp120 / neutralizing antibody / N-linked glycan | ||||||||||||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Julien, J.-P. / Jardine, J.G. / Diwanji, D. / Schief, W.R. / Wilson, I.A. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Minimally Mutated HIV-1 Broadly Neutralizing Antibodies to Guide Reductionist Vaccine Design. Authors: Jardine, J.G. / Sok, D. / Julien, J.P. / Briney, B. / Sarkar, A. / Liang, C.H. / Scherer, E.A. / Henry Dunand, C.J. / Adachi, Y. / Diwanji, D. / Hsueh, J. / Jones, M. / Kalyuzhniy, O. / ...Authors: Jardine, J.G. / Sok, D. / Julien, J.P. / Briney, B. / Sarkar, A. / Liang, C.H. / Scherer, E.A. / Henry Dunand, C.J. / Adachi, Y. / Diwanji, D. / Hsueh, J. / Jones, M. / Kalyuzhniy, O. / Kubitz, M. / Spencer, S. / Pauthner, M. / Saye-Francisco, K.L. / Sesterhenn, F. / Wilson, P.C. / Galloway, D.M. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Burton, D.R. / Schief, W.R. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 712.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 601.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 85.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5d9qC ![]() 3ngbS ![]() 4jpjS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ACF
#2: Protein | Mass: 19656.080 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 6 molecules HBELDG
#1: Antibody | Mass: 24395.684 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23172.686 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 7 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.16 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG4000, 20% (v/v) glycerol, 0.08 M sodium acetate, pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03324 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.25→40 Å / Num. obs: 43730 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.25→3.35 Å / Redundancy: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.572 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3NGB and 4JPJ Resolution: 3.25→39.943 Å / SU ML: 0.6 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.73 / Phase error: 28.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.25→39.943 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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