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- PDB-5cwv: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Nup192 TAIL domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cwv
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Nup192 TAIL domain
要素Nucleoporin NUP192
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nucleocytoplasmic transport
機能・相同性Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / mRNA transport / nuclear pore / protein transport / Nucleoporin NUP192
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.155 Å
データ登録者Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. ...Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Koide, A. / Lu, V. / Fischer, J. / Hurt, E. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. / Hoelz, A.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM111461 米国
V Foundation for Cancer ResearchAlbert Wyrick V Scholar Award 米国
Edward Mallinckrodt Jr. Foundation54th Mallinckrodt Scholar Award 米国
Sidney Kimmel Foundation for Cancer ResearchKimmel Scholar Award 米国
The Camille & Henry Dreyfus FoundationCamille-Dreyfus Teacher Scholar Award 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Architecture of the fungal nuclear pore inner ring complex.
著者: Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. / Huber, F.M. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Koide, ...著者: Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. / Huber, F.M. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Koide, A. / Lu, V. / Fischer, J. / Hurt, E. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. / Hoelz, A.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Data collection
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP192
B: Nucleoporin NUP192


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3102
ポリマ－78,3102
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoporin NUP192


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1551
ポリマ－39,1551
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleoporin NUP192


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1551
ポリマ－39,1551
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.745, 114.474, 114.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Monomer by SEC-MALS

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP192 / Nuclear pore protein NUP192


分子量: 39154.789 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1397-1756 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NUP192, CTHT_0023410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S4T0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 50 mM HEPES, pH 7.1 15 % (w/v) PEG 200 340 mM sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→20 Å / Num. obs: 13043 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 21.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.155→19.891 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2366 1453 10.12 %Random selection
Rwork0.1943 ---
obs0.1987 13043 99.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.155→19.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4167 0 0 0 4167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.655706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9731535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1545-3.20870.34041510.33611277X-RAY DIFFRACTION98
3.2087-3.26680.36491330.3051252X-RAY DIFFRACTION99
3.2668-3.32930.35991350.33161245X-RAY DIFFRACTION100
3.3293-3.3970.35561370.29321305X-RAY DIFFRACTION100
3.397-3.47040.31571410.27711266X-RAY DIFFRACTION99
3.4704-3.55070.2641410.26911243X-RAY DIFFRACTION100
3.5507-3.6390.39031440.26721273X-RAY DIFFRACTION99
3.639-3.73680.29421320.23511244X-RAY DIFFRACTION100
3.7368-3.8460.29031410.21231291X-RAY DIFFRACTION99
3.846-3.96910.25511490.19331274X-RAY DIFFRACTION100
3.9691-4.10980.25091340.1831265X-RAY DIFFRACTION100
4.1098-4.27280.27171460.18641258X-RAY DIFFRACTION100
4.2728-4.46520.19851450.17231235X-RAY DIFFRACTION99
4.4652-4.69770.20461420.17971293X-RAY DIFFRACTION100
4.6977-4.98760.19941480.15911255X-RAY DIFFRACTION99
4.9876-5.36570.2241440.18271254X-RAY DIFFRACTION100
5.3657-5.89290.27071430.20291259X-RAY DIFFRACTION99
5.8929-6.71670.2351440.21931260X-RAY DIFFRACTION100
6.7167-8.35670.21591430.17971259X-RAY DIFFRACTION100
8.3567-19.89160.18731500.14761244X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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