PDB-5cww: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum heterotrimeric N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cww

タイトル

Crystal structure of the Chaetomium thermophilum heterotrimeric Nup82 NTD-Nup159 TAIL-Nup145N APD complex

要素

Nucleoporin NUP145N
Nucleoporin NUP159
Nucleoporin NUP82

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / nucleocytoplasmic transport

機能・相同性

機能・相同性情報

telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. ...

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM111461	米国
V Foundation for Cancer Research	Albert Wyrick V Scholar Award	米国
Edward Mallinckrodt Jr. Foundation	54th Mallinckrodt Scholar Award	米国
Sidney Kimmel Foundation for Cancer Research	Kimmel Scholar Award	米国
The Camille & Henry Dreyfus Foundation	Camille-Dreyfus Teacher Scholar	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Architecture of the fungal nuclear pore inner ring complex.
著者: Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. / Huber, F.M. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Koide, ...

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月14日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月20日	Group: Data collection
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cww.cif.gz	420.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cww.ent.gz	351.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cww.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cww	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jnuC 4jnvC 4jo7C 4jo9C 4jq5C 5cwsC 5cwtC 5cwuC 5cwvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fxe-d 2y02-d 3lpo-4 2y03-d 1qlu-d 5t9g-1 5fxf-d 5i23-d 5jzg-d 1lwn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (10) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoporin NUP145N

B: Nucleoporin NUP82

C: Nucleoporin NUP159

85.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.300, 107.960, 69.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Nucleoporin NUP145N / Nuclear pore protein NUP145 分子量: 15693.921 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 858-993 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NUP145, CTHT_0042590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G0SAK3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質	Nucleoporin NUP82 / Nuclear pore protein NUP82 分子量: 65644.664 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-595 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NUP82, CTHT_0022610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S4F3
#3: タンパク質・ペプチド	Nucleoporin NUP159 / Nuclear pore protein NUP159 分子量: 3757.468 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1449-1480 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NUP159, CTHT_0054650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SBS8
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM lithium citrate 20 % (w/v) PEG 3,350 3 % (v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 43372 / Num. obs: 43372 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.187 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2131	2959	6.85 %	Random selection
R_work	0.1846	-	-	-
obs	0.1865	43203	99.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.187 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5553	0	0	164	5717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5770
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.756	7884
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.442	2144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	877
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1033

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2361	0.3627	139	0.341	1891	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2361-2.2746	0.339	139	0.3159	1895	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2746-2.316	0.34	140	0.3044	1899	X-RAY DIFFRACTION	99
2.316-2.3605	0.3433	137	0.2929	1878	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3605-2.4087	0.3162	142	0.2794	1929	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4087-2.461	0.3095	140	0.2584	1899	X-RAY DIFFRACTION	99
2.461-2.5182	0.2695	141	0.2487	1892	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5182-2.5812	0.2687	137	0.2516	1906	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5812-2.6509	0.285	142	0.2464	1921	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6509-2.7289	0.2771	140	0.2325	1913	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7289-2.8169	0.2637	142	0.2171	1909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8169-2.9175	0.2485	144	0.2286	1929	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9175-3.0342	0.2406	141	0.2143	1905	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0342-3.1721	0.2348	141	0.2073	1915	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1721-3.3391	0.2317	141	0.2034	1910	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3391-3.548	0.2263	137	0.1897	1936	X-RAY DIFFRACTION	100
3.548-3.8214	0.1983	142	0.167	1921	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8214-4.2049	0.1887	144	0.1528	1923	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2049-4.811	0.16	143	0.1297	1953	X-RAY DIFFRACTION	100
4.811-6.0525	0.1848	142	0.1542	1933	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0525-29.1895	0.1633	145	0.1578	1987	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8821	-4.6193	-5.2392	7.1203	6.4445	7.0979	0.6493	1.011	0.0751	-1.6064	-0.7337	0.4279	-0.1105	1.4033	-0.1005	0.6386	0.1091	-0.077	0.5693	0.1502	0.7102	62.1782	36.5521	6.3718
2	5.7499	-4.1012	0.9944	6.706	-1.3766	2.1733	0.0024	0.1806	-0.0689	0.0371	-0.0455	-0.4388	0.2518	0.3745	0.0506	0.4544	0.1147	-0.0285	0.5788	-0.0185	0.5723	60.015	31.971	15.2144
3	3.7814	-0.5123	-0.6719	8.1116	-0.4126	3.5046	-0.3596	-0.354	0.8928	0.5213	0.0944	-0.4612	-0.2863	0.0431	0.206	0.5558	0.1159	-0.1562	0.7089	-0.1834	0.8159	55.5713	49.0205	23.0097
4	3.9373	-0.2002	-1.4468	1.9611	0.39	2.4633	-0.2383	-0.4646	-0.5095	0.4462	0.0739	0.6197	0.3002	-0.5114	0.1917	0.5094	0.0261	0.1396	0.5717	0.1383	0.6583	15.3303	40.6332	22.068
5	2.191	-0.5243	-0.1429	2.3204	0.0744	2.1159	-0.1098	0.2067	0.1012	-0.2434	0.0979	-0.1028	-0.0959	0.0323	0.0175	0.4341	0.0221	0.0289	0.3686	0.0129	0.4853	33.9829	52.3829	2.5503
6	1.7465	0.9907	-0.8001	3.536	-2.1739	4.0059	-0.1684	-0.3215	0.2034	0.3544	0.3069	0.356	-0.2394	-0.1929	-0.166	0.5455	0.1807	0.0397	0.5191	-0.0308	0.6628	22.6975	64.8081	19.8291
7	5.4966	-3.4856	3.3884	5.768	-2.6425	9.9451	-0.1148	0.4226	0.386	-0.1831	-0.1725	-0.7944	0.0167	0.4958	0.2518	0.7226	-0.0056	0.1021	0.4942	0.0581	0.9933	33.1487	75.5647	-0.3022
8	7.2645	2.1397	-3.6692	4.0487	-5.5212	8.464	0.3894	-0.1252	0.9863	0.2791	-0.6707	0.2662	-3.3874	2.045	0.174	1.0696	-0.0481	-0.0155	0.8547	-0.1616	0.8792	33.5215	73.541	28.0177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 854 through 865 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 866 through 957 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 958 through 993 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 216 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 217 through 461 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 462 through 593 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1440 through 1461 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1462 through 1471 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)