[日本語] English
万見
- PDB-5t9g: Crystal structure of BuGH2Cwt in complex with Galactoisofagomine -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t9g
タイトルCrystal structure of BuGH2Cwt in complex with Galactoisofagomine
要素Glycoside Hydrolase
キーワードHYDROLASE / (alpha/beta)6 barrel / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 2, domain 5 / Glycoside hydrolase family 2 C-terminal domain 5 / Domain of unknown function DUF4982 / Domain of unknown function (DUF4982) / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain ...Glycoside hydrolase family 2, domain 5 / Glycoside hydrolase family 2 C-terminal domain 5 / Domain of unknown function DUF4982 / Domain of unknown function (DUF4982) / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-galacto-isofagomine / Glycoside Hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides uniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pluvinage, B. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular basis of an agarose metabolic pathway acquired by a human intestinal symbiont.
著者: Pluvinage, B. / Grondin, J.M. / Amundsen, C. / Klassen, L. / Moote, P.E. / Xiao, Y. / Thomas, D. / Pudlo, N.A. / Anele, A. / Martens, E.C. / Inglis, G.D. / Uwiera, R.E.R. / Boraston, A.B. / Abbott, D.W.
履歴
登録2016年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycoside Hydrolase
B: Glycoside Hydrolase
C: Glycoside Hydrolase
D: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)388,94022
ポリマ－387,4834
非ポリマー1,45818
水15,331851
1
A: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2045
ポリマ－96,8711
非ポリマー3334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3287
ポリマ－96,8711
非ポリマー4586
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3287
ポリマ－96,8711
非ポリマー4586
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0803
ポリマ－96,8711
非ポリマー2092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.230, 121.130, 124.459
Angle α, β, γ (deg.)70.630, 86.800, 78.770
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Glycoside Hydrolase


分子量: 96870.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides uniformis (バクテリア)
株: NP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2D0TCC9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GIF / D-galacto-isofagomine / 4-epi-イソファゴミン


分子量: 147.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium citrate, 20-24% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9753 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9753 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→117.41 Å / Num. obs: 139311 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.638 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.786 / % possible all: 82.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T9A

5t9a


解像度: 2.4→117.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 11.834 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.298
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 6968 5 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
obs0.2093 132324 87.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.15 Å2 / Biso mean: 30.647 Å2 / Biso min: 3.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.63 Å2-0.91 Å22.16 Å2
2---3.63 Å20.86 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→117.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26014 0 96 851 26961
Biso mean--35.26 22.24 -
残基数----3242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01926913
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0224329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2921.92736520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.904355942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6853260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65524.1851338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.697154343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.38715145
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.23818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0230867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.093.1213029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.093.1213024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8354.67716290
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 451 -
Rwork0.324 9133 -
all-9584 -
obs--81.94 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る