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- PDB-4ncb: Structure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ncb
タイトルStructure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA and 19-mer target DNA with Mg2+
要素
  • 5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
  • 5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
  • 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
  • Argonaute
キーワードNUCLEAR PROTEIN/DNA / Argonaute / RNA interference / DNA interference / Piwi / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / Piwi domain profile. / Piwi domain ...Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.189 Å
データ登録者Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Wang, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure-based cleavage mechanism of Thermus thermophilus Argonaute DNA guide strand-mediated DNA target cleavage.
著者: Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Tian, W. / Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Patel, D.J. / Wang, Y.
履歴
登録2013年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Atomic model
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02025年2月12日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Argonaute
B: Argonaute
C: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
P: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
E: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
F: 5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
H: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,48116
ポリマ－180,6908
非ポリマー7908
水7,999444
1
A: Argonaute
C: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
P: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1058
ポリマ－91,7104
非ポリマー3954
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Argonaute
E: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
F: 5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
H: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3768
ポリマ－88,9814
非ポリマー3954
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.736, 105.363, 92.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Argonaute


分子量: 76728.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: Thermophilus / 遺伝子: Argonaute, TT_P0026 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q746M7

-
DNA鎖 , 4種, 6分子 CEPHDF

#2: DNA鎖 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3'


分子量: 2683.801 Da / 分子数: 2 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'


分子量: 5708.726 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'


分子量: 2979.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 452分子

#6: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationN
配列の詳細HALF (OCCUPANCY = 0.50) OF CHAIN D PRESENT IN THE CRYSTAL HAS BEEN CLEAVED TO FORM CHAIN P AND ...HALF (OCCUPANCY = 0.50) OF CHAIN D PRESENT IN THE CRYSTAL HAS BEEN CLEAVED TO FORM CHAIN P AND CONFORMATION B OF CHAIN D.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 306 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18 mM magnesium chloride, 9% isopropanol, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 2.25 mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 306K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.189→50 Å / Num. obs: 75224 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.189-2.242.40.45536660.714188.6
2.24-2.282.40.43336250.857189.1
2.28-2.322.40.36836500.646189.2
2.32-2.372.50.3537090.673189.8
2.37-2.422.50.31436840.664189.5
2.42-2.482.50.27936420.65189.3
2.48-2.542.50.25436440.645188.6
2.54-2.612.60.21336680.626189.3
2.61-2.692.60.19836270.68188.4
2.69-2.772.60.16736750.65189.4
2.77-2.872.70.14337210.638189.7
2.87-2.992.80.1236690.644189.4
2.99-3.122.80.10436800.665189.3
3.12-3.292.90.08337210.716190.2
3.29-3.4930.07237730.76191.4
3.49-3.7630.06538790.942194.2
3.76-4.142.90.05339091.069194.7
4.14-4.7430.04439941.199196.2
4.74-5.973.50.04341301.667199.3
5.97-503.50.03741582.773197.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HM9

3hm9


解像度: 2.189→39.216 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / FOM work R set: 0.8344 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2296 3787 5.04 %RANDOM
Rwork0.1748 ---
obs0.1776 75196 90.6 %-
all-75196 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 213.58 Å2 / Biso mean: 35.5953 Å2 / Biso min: 5.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.189→39.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10515 1417 48 444 12424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11517248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691889
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5364725
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.189-2.21710.31161220.26832113223574
2.2171-2.24630.33351240.25562598272289
2.2463-2.27710.3191350.25142541267688
2.2771-2.30960.28971240.23632620274489
2.3096-2.34410.31251390.23142611275090
2.3441-2.38070.26961460.22472608275490
2.3807-2.41970.33061320.22522622275489
2.4197-2.46150.24711320.22462612274490
2.4615-2.50620.32221480.22092541268988
2.5062-2.55440.29751480.2142625277389
2.5544-2.60650.25171320.20452538267089
2.6065-2.66320.30321410.2062584272588
2.6632-2.72510.25591410.20752580272189
2.7251-2.79330.28051460.21152634278090
2.7933-2.86880.29541380.21492609274789
2.8688-2.95320.30081470.21722578272589
2.9532-3.04840.31321140.21552627274189
3.0484-3.15730.27541600.19422608276889
3.1573-3.28370.24541340.17592651278591
3.2837-3.43310.22791350.17482661279691
3.4331-3.61390.20231390.15612683282292
3.6139-3.84020.19931340.15492840297496
3.8402-4.13640.22211530.14472736288994
4.1364-4.55210.17461520.12622850300297
4.5521-5.20950.15571470.12592876302397
5.2095-6.55840.19171520.149729603112100
6.5584-39.22190.14951720.14092903307597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43580.4509-0.64320.7564-0.42991.40520.0796-0.21890.28030.23810.03280.1114-0.2410.2169-0.08790.2311-0.0503-0.01810.2558-0.0440.2146-16.47427.183844.0457
21.092-0.21540.23110.446-0.19320.486-0.0758-0.0508-0.01530.08230.034-0.17240.146-0.01090.03410.3791-0.0507-0.00890.2273-0.02070.26272.0193-6.77843.564
31.90440.5464-0.20450.6825-0.03070.414-0.16520.0661-0.0321-0.08180.1369-0.08980.08910.07940.02220.27210.00820.02490.1943-0.05680.154227.301714.73628.7757
40.99640.0951-0.21360.78380.38631.6963-0.07810.04370.0757-0.0410.03710.05650.0358-0.11470.03390.17320.0069-0.00640.1564-0.00070.142214.620124.953235.4181
51.62110.50331.11532.10670.3273.060.2490.1587-0.4724-0.2690.08550.1240.7819-0.3942-0.34220.4838-0.0368-0.06270.2844-0.01410.289515.4054-13.50181.3436
62.5005-2.49750.45366.47670.4181.39660.15540.02140.0354-0.2214-0.18290.13650.2094-0.1870.06340.1508-0.0515-0.00530.237-0.02440.085314.05213.920691.5738
72.49661.06922.38831.77580.71752.395-0.111300.3541-0.2667-0.22190.4962-0.2029-1.17690.30230.34510.1021-0.09090.7171-0.08120.3914-6.822321.812376.0672
82.8987-0.66712.10030.874-0.51683.3821-0.26160.03560.08860.04720.02640.2558-0.3509-0.57450.15890.22360.00620.0240.3521-0.08930.24093.594816.42985.8716
90.86760.1670.47661.5778-0.49460.9283-0.13120.15080.22040.1457-0.1241-0.2088-0.21890.23930.25140.15830.01010.00840.1334-0.01980.121934.15638.426772.1331
100.4657-0.2520.43411.7126-0.3032.11020.07960.1116-0.0424-0.1519-0.1071-0.07860.28620.1720.00970.11210.02030.02750.1453-0.01570.140133.465122.089370.2237
111.636-0.0124-0.64251.7327-0.18662.76160.0414-0.13930.16770.48420.06250.25010.3911-0.4405-0.14060.2827-0.09340.06050.3274-0.01420.262710.95897.941737.4766
123.1708-3.29060.5715.41072.23684.11860.3539-1.1871-0.94410.6046-0.20411.49861.3924-2.8351-0.09520.5789-0.3256-0.07371.5250.05820.5359-0.883710.158342.7738
131.4022-0.31731.39312.98920.51551.6145-0.1921-0.1937-0.11230.39260.10570.29410.2398-0.45030.09640.254-0.02170.10770.32640.02310.203115.1147.36930.796
142.84770.592-0.62732.4971-1.11110.6602-0.11040.0337-0.3477-0.13160.0197-0.0858-0.0607-0.1710.05350.0993-0.01290.03110.1284-0.03030.1219.377723.258481.3544
151.74220.2208-1.16462.617-2.43544.40.48590.3065-0.7342-1.115-1.3517-0.27690.9188-0.37940.61470.8509-0.02750.06780.3798-0.16990.664618.45842.493169.1671
161.05790.1094-0.54820.3670.20830.48080.46350.2886-2.1743-0.1076-0.3428-1.59831.54481.4623-0.10071.40110.4201-0.54151.11790.09682.073325.9103-12.670971.9915
172.70111.61530.75451.48961.29391.40060.008-0.11610.13460.0729-0.14080.0636-0.2164-0.14730.17310.33830.01990.0060.1465-0.01530.200421.332827.800382.6718
189.69014.71042.36986.91582.18892.5290.3923-1.016-0.90730.7254-0.0894-0.32090.9531-0.6793-0.32920.8185-0.1732-0.0770.41620.01850.450817.88311.927976.4575
194.3367-1.61545.57414.7729-0.37157.872-0.0233-0.17380.08630.44350.202-0.10470.0459-0.0171-0.12180.6165-0.04750.03390.5971-0.06080.498413.7337-13.271158.1443
201.106-2.76450.39549.63212.04288.41490.04440.6016-0.2252-0.6268-0.09580.37580.1117-0.4446-0.01140.2926-0.13580.10660.8717-0.2240.3227-8.849414.4967.4139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 72 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 263 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 264 through 443 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 444 through 685 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 102 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 103 through 174 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 175 through 222 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 223 through 301 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 302 through 400 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 401 through 685 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 2 through 16 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'P' and (resid 5 through 9 )P0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 5 through 19 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 2 through 11 )E0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 12 through 16 )E0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 17 through 17 )E0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 10 through 19 )F0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 4 through 9 )H0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 701 through 701 )A0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 701 through 701 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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