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Yorodumi- PDB-4ncb: Structure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA an... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4ncb | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA and 19-mer target DNA with Mg2+ | |||||||||
Components |
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Keywords | NUCLEAR PROTEIN/DNA / Argonaute / RNA interference / DNA interference / Piwi / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationHydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Thermus thermophilus (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.189 Å | |||||||||
Authors | Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Wang, Y. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014Title: Structure-based cleavage mechanism of Thermus thermophilus Argonaute DNA guide strand-mediated DNA target cleavage. Authors: Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Tian, W. / Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Patel, D.J. / Wang, Y. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4ncb.cif.gz | 619.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4ncb.ent.gz | 504.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4ncb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4ncb_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4ncb_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 4ncb_validation.xml.gz | 61.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 4ncb_validation.cif.gz | 82.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncb | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4kpyC ![]() 4n41C ![]() 4n47C ![]() 4n76C ![]() 4ncaC ![]() 3hm9S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 76728.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: Thermophilus / Gene: Argonaute, TT_P0026 / Plasmid: pET-SUMO / Production host: ![]() |
|---|
-DNA chain , 4 types, 6 molecules CEPHDF
| #2: DNA chain | Mass: 6588.266 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: DNA chain | Mass: 2683.801 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: SEE REMARK 999 / Source method: obtained synthetically #4: DNA chain | | Mass: 5708.726 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / Source method: obtained synthetically #5: DNA chain | | Mass: 2979.968 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 452 molecules 




| #6: Chemical | | #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | N |
|---|---|
| Sequence details | HALF (OCCUPANCY = 0.50) OF CHAIN D PRESENT IN THE CRYSTAL HAS BEEN CLEAVED TO FORM CHAIN P AND ...HALF (OCCUPANCY = 0.50) OF CHAIN D PRESENT IN THE CRYSTAL HAS BEEN CLEAVED TO FORM CHAIN P AND CONFORMATI |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.77 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 306 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 18 mM magnesium chloride, 9% isopropanol, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 2.25 mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 306K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.189→50 Å / Num. obs: 75224 / % possible obs: 91.2 % / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 12.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 3HM9 Resolution: 2.189→39.216 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / FOM work R set: 0.8344 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.4 / Phase error: 24.33 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 213.58 Å2 / Biso mean: 35.5953 Å2 / Biso min: 5.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.189→39.216 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Thermus thermophilus (bacteria)
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