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- PDB-4n47: Structure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n47
タイトルStructure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA and 12-mer target DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
  • 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
  • Argonaute
キーワードNUCLEAR PROTEIN/DNA / Argonaute / RNA interference / DNA interference / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / Piwi domain profile. / Piwi domain ...Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.823 Å
データ登録者Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Wang, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure-based cleavage mechanism of Thermus thermophilus Argonaute DNA guide strand-mediated DNA target cleavage.
著者: Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Tian, W. / Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Patel, D.J. / Wang, Y.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Argonaute
D: 5'-D(*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
C: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9004
ポリマ－86,8753
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area31700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.886, 110.548, 124.039
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Argonaute


分子量: 76728.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: Thermophilus / 遺伝子: Argonaute, TT_P0026 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q746M7
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'


分子量: 3558.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 306 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 306K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射モノクロメーター: cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 19791 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 66.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.512 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.856.10.6129691.175199.8
2.85-2.960.5559921.2311100
2.9-2.966.10.469781.181199.8
2.96-3.026.10.389711.155199.9
3.02-3.0860.3259731.3631100
3.08-3.1560.2619751.288199.7
3.15-3.2360.19810021.4571100
3.23-3.3260.1679641.594199.5
3.32-3.4260.1429871.5261100
3.42-3.5360.1359681.728199.7
3.53-3.6560.119931.532199.4
3.65-3.860.1059881.662199.7
3.8-3.975.90.1059761.838199.9
3.97-4.185.90.09110041.867199.7
4.18-4.445.90.08610051.668199.8
4.44-4.795.80.0889901.818199.7
4.79-5.275.80.08410101.808199.4
5.27-6.035.60.0810011.655199.5
6.03-7.595.60.06810271.497198.3
7.59-505.70.05210181.234191.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F73

3f73


解像度: 2.823→38.329 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 1004 5.09 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.1957 19727 98.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.31 Å2 / Biso mean: 66.2182 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.823→38.329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5008 533 1 0 5542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085729
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.017910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057885
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1922085
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.823-2.97160.31561190.2492473259292
2.9716-3.15770.38921400.253926602800100
3.1577-3.40130.30721480.2126762824100
3.4013-3.74340.27271660.194226772843100
3.7434-4.28440.24081500.177127172867100
4.2844-5.39550.21471440.169427412885100
5.3955-38.33230.26061370.18852779291696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6581-0.36020.82241.7624-2.11254.2798-0.02190.3288-0.0444-0.09620.20450.1566-0.0134-0.823-0.09850.51940.0959-0.0090.3656-0.03120.3748-27.302422.74790.8991
24.5863-3.00311.83681.74-1.07581.25190.08520.16040.37470.0696-0.1593-0.1745-0.1248-0.18660.06350.4136-0.0994-0.01480.33850.07290.3034-14.173319.197514.4565
32.3216-0.2241-1.43751.0989-0.63475.2679-0.03270.7385-0.2256-0.22520.16180.01660.36990.2149-0.17070.538-0.1197-0.01770.4724-0.0520.56426.45917.0513-2.6961
41.7797-1.6375-0.05524.4049-0.50881.4513-0.2197-0.1455-0.43650.30870.10040.2250.27990.08560.13040.3463-0.01530.05280.48520.05290.3063-12.5316-17.000928.6051
52.0154-0.53050.67782.94390.23653.6932-0.0710.2429-0.0775-0.2247-0.12880.34750.26680.19620.15330.4965-0.09620.06360.39940.04360.4111-14.3694-22.446619.36
61.8887-0.38990.72782.83330.48313.7729-0.2685-0.0487-0.1331-0.2440.11850.9614-0.2117-0.61520.15010.2406-0.0717-0.090.5270.0770.7559-30.1424-8.506521.6472
72.9739-1.912-0.25215.29870.50514.71390.30170.3825-1.0332-1.2791-0.27880.44940.7412-0.0463-0.00860.7818-0.1852-0.10030.64570.00380.6871-18.6295-22.41714.1063
82.16940.5993-1.06710.3681-0.94612.0523-0.14690.1506-0.2559-0.0485-0.1169-0.1691-0.3087-0.03590.1530.5739-0.0572-0.09720.54960.06960.5172-8.5141-4.200420.5125
91.13280.564-1.08093.281-1.14660.9634-0.17010.44780.1882-0.4860.41270.40020.13830.0857-0.16840.5202-0.0702-0.06720.44160.11240.5013-9.4078-2.253116.9272
103.8958-1.49-0.33834.7448-2.21595.69470.60140.9957-1.0162-1.3644-0.51321.21470.6712-1.40650.54310.6538-0.0132-0.02631.1543-0.54991.0441-0.55295.7765-13.3361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 102 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 103 through 175 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 176 through 282 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 283 through 401 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 402 through 514 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 515 through 653 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 654 through 685 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 12 )D0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 2 through 12 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 20 through 21 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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