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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5i9e | ||||||
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| Title | Crystal structure of a nuclear actin ternary complex | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / nuclear actin / Arp4 / chromatin remodeling | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationkinetochore assembly / Swr1 complex / Ino80 complex / recombinational repair / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / helicase activity / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / chromatin organization / histone binding ...kinetochore assembly / Swr1 complex / Ino80 complex / recombinational repair / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / helicase activity / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / chromatin organization / histone binding / molecular adaptor activity / DNA helicase / cytoskeleton / hydrolase activity / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Chen, Z. / Cao, T. | ||||||
| Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2016Title: Crystal structure of a nuclear actin ternary complex. Authors: Cao, T. / Sun, L. / Jiang, Y. / Huang, S. / Wang, J. / Chen, Z. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5i9e.cif.gz | 669.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5i9e.ent.gz | 554.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5i9e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/5i9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/5i9e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 54991.797 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: ARP4, ACT3, YJL081C, J1012 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 41735.547 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 9224.541 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 340-410 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: SWR1, YDR334W, D9651.6 / Production host: ![]() #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.26 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: evaporation Details: polyethylene glycol (PEG) 3350, citric acid, BIS-TRIS propane |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.987 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 1, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.8→48.403 Å / Num. obs: 48531 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.8→2.87 Å |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3QB0, 1YAG Resolution: 2.8→48.403 Å / SU ML: 0.52 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.97
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→48.403 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
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