PDB-6b6l: The crystal structure of glycosyl hydrolase family 2 (GH2) member...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b6l

タイトル

The crystal structure of glycosyl hydrolase family 2 (GH2) member from Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838

要素

Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / glycosyl hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tan, K. / Joachimiak, G. / Nocek, B. / Enddres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of glycosyl hydrolase family 2 (GH2) member from Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838
著者: Tan, K. / Joachimiak, G. / Nocek, B. / Enddres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2017年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b6l.cif.gz	597.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b6l.ent.gz	487.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b6l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/6b6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/6b6l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5t98-1 7cwd-d 5t9g-1 3puj-2 6u43-d 6cc4-d 4ncb-2 6b3a-d 1kln-d 7cwi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC115077

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (10) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (10) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (10)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (10)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

B: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

ヘテロ分子

176 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.528, 227.135, 66.902
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein 分子量: 87693.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア) 遺伝子: BACCELL_00063 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: E2N721
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Potassium Chloride 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月7日 / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.88 Å / Num. obs: 110119 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.85 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 5534 / CC_1/2: 0.52 / R_pim(I) all: 0.508 / R_rim(I) all: 0.86 / Χ²: 0.805 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→34.881 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.85

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2082	5319	4.95 %	random
R_work	0.1628	-	-	-
obs	0.165	107510	96.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→34.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11439	0	21	727	12187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	11737
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	15942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.402	6895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1762
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9858-2.0084	0.3137	82	0.2319	1588	X-RAY DIFFRACTION	46
2.0084-2.032	0.2655	139	0.23	2688	X-RAY DIFFRACTION	76
2.032-2.0568	0.3001	156	0.2164	3128	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0568-2.0828	0.2738	170	0.2018	3304	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0828-2.1102	0.2408	188	0.1974	3417	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1102-2.1391	0.2586	185	0.1924	3518	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1391-2.1697	0.2817	180	0.1856	3485	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1697-2.2021	0.2123	167	0.1769	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2021-2.2365	0.2533	156	0.173	3515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2365-2.2731	0.2474	179	0.178	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2731-2.3123	0.2285	175	0.1738	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3123-2.3544	0.2444	172	0.1707	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3544-2.3996	0.2275	176	0.1682	3546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3996-2.4486	0.2123	212	0.1687	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4486-2.5018	0.2153	206	0.1693	3566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5018-2.56	0.2165	206	0.1675	3429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.624	0.2168	172	0.1661	3564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.624-2.6949	0.229	203	0.1717	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6949-2.7742	0.2411	187	0.1748	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7742-2.8637	0.2266	191	0.1796	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8637-2.966	0.2319	197	0.1796	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.966-3.0847	0.2334	212	0.1755	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0847-3.225	0.1991	201	0.172	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.225-3.3949	0.2223	172	0.1749	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3949-3.6074	0.1953	157	0.1564	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6074-3.8856	0.1731	176	0.1436	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8856-4.276	0.1653	180	0.136	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
4.276-4.8933	0.1578	173	0.1224	3534	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8933-6.1595	0.1582	170	0.1407	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1595-34.8867	0.1786	179	0.1518	3521	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7266	0.4018	-0.1272	1.3625	0.1918	1.3666	-0.1093	-0.5267	-0.5243	0.0301	-0.0546	-0.1988	0.4162	0.1275	-0.0193	0.181	0.0681	0.0802	0.2624	0.1847	0.2381	5.83	-14.5665	32.5865
2	0.9293	0.1535	-0.2981	0.4412	-0.1169	1.4743	-0.0224	-0.1515	0.0541	-0.0164	-0.0163	0.0672	-0.0042	-0.0187	0.0278	0.0856	-0.0114	-0.0108	0.1398	-0.0215	0.1071	-2.71	7.933	19.3287
3	0.8149	0.5866	-0.0459	2.0997	-0.343	1.6153	0.0072	0.0858	0.2254	-0.5667	0.0915	0.0862	-0.4944	-0.0334	-0.0582	0.4861	-0.0144	-0.0164	0.1522	0.0533	0.3323	14.052	74.6743	4.4102
4	1.1095	-0.1164	-0.0209	1.2463	0.1725	0.9236	0.041	-0.1822	0.0795	0.0871	0.008	-0.0365	-0.0768	0.083	-0.049	0.2053	-0.0202	0.0036	0.1611	0.0119	0.2414	15.2907	58.1444	26.3624
5	1.1506	0.227	0.6962	2.0741	1.5133	1.3765	0.0077	0.0354	-0.0702	-0.2146	0.133	-0.2128	-0.0592	0.0444	-0.1491	0.1936	-0.0273	-0.0026	0.1329	0.013	0.2441	22.167	38.4924	9.7802
6	1.2892	0.3269	0.2699	1.9223	0.6622	1.2743	-0.0473	0.1156	0.079	-0.336	0.111	0.1467	-0.1059	-0.0531	-0.0703	0.2254	-0.0638	-0.0499	0.161	0.0412	0.232	13.1331	35.8916	-3.0141

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 275 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 276 through 797 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 26 through 179 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 180 through 515 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 516 through 606 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 607 through 797 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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