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- PDB-6cc4: Structure of MurJ from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cc4
タイトルStructure of MurJ from Escherichia coli
要素soluble cytochrome b562, lipid II flippase MurJ chimera
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Lipid II flippase / MOP superfamily / Peptidoglycan synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolipid translocation / lipid-linked peptidoglycan transport / lipid-linked peptidoglycan transporter activity / division septum / lipid translocation / cardiolipin binding / peptidoglycan biosynthetic process / electron transport chain / cell wall organization / regulation of cell shape ...glycolipid translocation / lipid-linked peptidoglycan transport / lipid-linked peptidoglycan transporter activity / division septum / lipid translocation / cardiolipin binding / peptidoglycan biosynthetic process / electron transport chain / cell wall organization / regulation of cell shape / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ / : / Lipid II flippase MurJ / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Soluble cytochrome b562 / Lipid II flippase MurJ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zheng, S. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI109764 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structure and mutagenic analysis of the lipid II flippase MurJ fromEscherichia coli.
著者: Zheng, S. / Sham, L.T. / Rubino, F.A. / Brock, K.P. / Robins, W.P. / Mekalanos, J.J. / Marks, D.S. / Bernhardt, T.G. / Kruse, A.C.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: soluble cytochrome b562, lipid II flippase MurJ chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8332
ポリマ－66,7381
非ポリマー951
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area28960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.954, 118.036, 128.067
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 soluble cytochrome b562, lipid II flippase MurJ chimera / Cytochrome b-562 / Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ


分子量: 66737.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC, murJ, mviN, yceN, b1069, JW1056
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P0AF16
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES, pH 6.0, 100 mM potassium phosphate dibasic, 28% PEG300, 1% 1,2,3-heptanetriol, lipid stock used for reconstitution was 10:1 w/w monoolein:cholesterol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 10739 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.953 / Rmerge(I) obs: 0.342 / Rpim(I) all: 0.229 / Rrim(I) all: 0.415 / Χ2: 1.135 / Net I/av σ(I): 3.57 / Net I/σ(I): 3.57
反射 シェル解像度: 3.5→3.58 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 1.54 / Mean I/σ(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 718 / CC1/2: 0.211 / Rpim(I) all: 1.131 / Rrim(I) all: 1.926 / Χ2: 1.04 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5T77

5t77


解像度: 3.5→35.715 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.47
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3013 513 4.82 %Random selection
Rwork0.2799 ---
obs0.281 10640 94.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 74.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→35.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4603 0 5 0 4608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.746411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8712793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041771
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.85190.40211250.34162494X-RAY DIFFRACTION95
3.8519-4.40840.30571400.28442556X-RAY DIFFRACTION97
4.4084-5.55070.3041160.29632459X-RAY DIFFRACTION93
5.5507-35.71720.26261320.24352618X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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