[日本語] English
万見
- PDB-5t77: Crystal structure of the MOP flippase MurJ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t77
タイトルCrystal structure of the MOP flippase MurJ
要素Putative lipid II flippase MurJ
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / Flippase / Peptidoglycan
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-linked peptidoglycan transporter activity / lipid translocation / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ / : / Lipid II flippase MurJ
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Lipid II flippase MurJ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosipho africanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kuk, A.C.Y. / Lee, S.-Y.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the MOP flippase MurJ in an inward-facing conformation.
著者: Kuk, A.C. / Mashalidis, E.H. / Lee, S.Y.
履歴
登録2016年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative lipid II flippase MurJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,16754
ポリマ－54,1381
非ポリマー15,02953
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area22550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.163, 99.573, 74.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative lipid II flippase MurJ


分子量: 54137.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosipho africanus (strain TCF52B) (バクテリア)
株: TCF52B / 遺伝子: mviN, THA_1814 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7IE18

-
非ポリマー , 8種, 202分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#8: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG400, calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 41992 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 9.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→34.192 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2141 2092 4.99 %
Rwork0.1888 --
obs0.19 41953 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3734 0 512 149 4395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5465691
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8782473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04650.32231310.30032499X-RAY DIFFRACTION93
2.0465-2.09770.31441360.27432572X-RAY DIFFRACTION95
2.0977-2.15440.26841390.2372659X-RAY DIFFRACTION97
2.1544-2.21780.22211410.22032653X-RAY DIFFRACTION99
2.2178-2.28940.27441380.22362660X-RAY DIFFRACTION98
2.2894-2.37120.20551420.18532688X-RAY DIFFRACTION99
2.3712-2.46610.18511430.17582675X-RAY DIFFRACTION99
2.4661-2.57830.19121420.16732679X-RAY DIFFRACTION99
2.5783-2.71420.18831350.16142708X-RAY DIFFRACTION99
2.7142-2.88410.19061500.16962672X-RAY DIFFRACTION99
2.8841-3.10670.21391300.17862709X-RAY DIFFRACTION99
3.1067-3.41910.19791430.17452682X-RAY DIFFRACTION99
3.4191-3.91320.20331470.17462683X-RAY DIFFRACTION99
3.9132-4.92790.211380.1812625X-RAY DIFFRACTION96
4.9279-34.19650.21671370.19552697X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5234-0.2136-0.53353.15192.0142.26430.02660.0079-0.11580.0593-0.0416-0.0670.07920.0140.0150.2190.00210.01110.25650.0270.2493149.248638.296143.0684
21.35250.9906-0.44373.2417-1.04091.6419-0.0058-0.1288-0.15580.1475-0.0138-0.04840.1562-0.02310.01960.20390.02420.0170.2445-0.00320.1837137.18237.1064167.0961
35.70763.4694-1.22678.2103-4.38476.90840.3445-0.4235-0.31221.3833-0.4179-0.7536-0.27810.57770.07340.446-0.0213-0.16320.52230.02020.3117148.886739.6504183.7386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 245 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 246 through 433 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 434 through 470 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る