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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cdr | ||||||
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| タイトル | 2.65 structure of S.aureus DNA gyrase and artificially nicked DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Bax, B.D. / Srikannathasan, V. / Chan, P.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015タイトル: Structural basis of DNA gyrase inhibition by antibacterial QPT-1, anticancer drug etoposide and moxifloxacin. 著者: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C. ...著者: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C.E. / Tanner, R. / Theobald, A.J. / Stavenger, R.A. / Bax, B.D. / Gwynn, M.N. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015 タイトル: Crystallization and initial crystallographic analysis of covalent DNA-cleavage complexes of Staphyloccocus aureus DNA gyrase with QPT-1, moxifloxacin and etoposide. 著者: Srikannathasan, V. / Wohlkonig, A. / Shillings, A. / Singh, O. / Chan, P.F. / Huang, J. / Gwynn, M.N. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Hibbs, M. / Theobald, A.J. / Spitzfaden, C. / Bax, B.D. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 5cdr.cif.gz | 566.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb5cdr.ent.gz | 460.3 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 5cdr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 5cdr_validation.pdf.gz | 478.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 5cdr_full_validation.pdf.gz | 485.2 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 5cdr_validation.xml.gz | 53.4 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 5cdr_validation.cif.gz | 77.4 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cdr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 単位格子 |
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要素
-DNA gyrase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD
| #1: タンパク質 | 分子量: 54738.453 Da / 分子数: 2 / 変異: Y123F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)株: N315 / 遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 21345.270 Da / 分子数: 2 変異: GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)株: N315 / 遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: ![]() |
|---|
-DNA鎖 , 3種, 3分子 EGF
| #3: DNA鎖 | 分子量: 2451.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
|---|---|
| #4: DNA鎖 | 分子量: 3967.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
| #5: DNA鎖 | 分子量: 6134.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 653分子 




| #6: 化合物 | | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.88 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 150mM BisTris pH 6.2, 11% PEG 5000 MME. / PH範囲: 6.2 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 58268 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.025 / Net I/av σ(I): 13.521 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 189383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: 2XCS 解像度: 2.65→39.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9285 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9203 / SU R Cruickshank DPI: 0.609 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.615 / SU Rfree Blow DPI: 0.254 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.257
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| 原子変位パラメータ | Biso max: 139.21 Å2 / Biso mean: 49.38 Å2 / Biso min: 10.88 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.65→39.74 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
|
ムービー
コントローラー
万見について





X線回折
引用


















PDBj








































