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- PDB-5cdq: 2.95A structure of Moxifloxacin with S.aureus DNA gyrase and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cdq
タイトル2.95A structure of Moxifloxacin with S.aureus DNA gyrase and DNA
要素
  • (DNA gyrase subunit ...) x 2
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
キーワードHYDROLASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MFX / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Bax, B.D. / Srikannathasan, V. / Chan, P.F.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis of DNA gyrase inhibition by antibacterial QPT-1, anticancer drug etoposide and moxifloxacin.
著者: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C. ...著者: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C.E. / Tanner, R. / Theobald, A.J. / Stavenger, R.A. / Bax, B.D. / Gwynn, M.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Crystallization and initial crystallographic analysis of covalent DNA-cleavage complexes of Staphyloccocus aureus DNA gyrase with QPT-1, moxifloxacin and etoposide.
著者: Srikannathasan, V. / Wohlkonig, A. / Shillings, A. / Singh, O. / Chan, P.F. / Huang, J. / Gwynn, M.N. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Hibbs, M. / Theobald, A.J. / Spitzfaden, C. / Bax, B.D.
履歴
登録2015年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Atomic model
改定 1.22024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
R: DNA gyrase subunit A
S: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
T: DNA gyrase subunit A
U: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
V: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,19340
ポリマ－329,70712
非ポリマー3,48628
水5,368298
1
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,59620
ポリマ－164,8546
非ポリマー1,74314
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22580 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area56520 Å2
手法PISA
2
R: DNA gyrase subunit A
S: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
T: DNA gyrase subunit A
U: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
V: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,59620
ポリマ－164,8546
非ポリマー1,74314
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22850 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area55890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.930, 170.550, 125.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA gyrase subunit ... , 2種, 8分子 ACRTBDSU

#1: タンパク質
DNA gyrase subunit A


分子量: 54664.223 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 10-490 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質
DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 21612.596 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 414-640,UNP residues 414-640 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 1種, 4分子 EFVW

#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 6149.978 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 326分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-MFX / 1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methoxy-7-[(4aS,7aS)-octahydro-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl]-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid / moxifloxacin / モキシフロキサシン


分子量: 401.431 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24FN3O4 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / コメント: 抗生剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 90mM BisTris pH 6.2, 8% PEG 5000 MME / PH範囲: 5.9-6.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→19.99 Å / Num. obs: 75363 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 83.42 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 256079
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.95-3.013.50.9751.61544944700.7070.61399.8
14.75-19.993.60.02840.513423730.9980.01859.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.95→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8803 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.345
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3794 5.09 %RANDOM
Rwork0.1745 ---
obs0.1767 74584 98.75 %-
原子変位パラメータBiso max: 225.96 Å2 / Biso mean: 91.03 Å2 / Biso min: 31.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4318 Å20 Å2-10.5633 Å2
2--33.9863 Å20 Å2
3----34.4181 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.466 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20892 1564 258 276 22990
Biso mean--80.3 63.3 -
残基数----2770
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8217SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes594HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3206HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it23295HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd7SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3107SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact26650SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d23295HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg31845HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.15
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2723 276 5.34 %
Rwork0.2315 4890 -
all0.2337 5166 -
obs--98.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.88490.23510.16282.6242-0.57932.02850.1103-0.9104-0.5880.451-0.1596-0.22190.19940.47150.0494-0.17410.06260.10480.17020.1972-0.276939.4287-49.278583.9605
22.25410.171-0.23632.4083-0.61371.7111-0.18320.28080.4387-0.41370.10790.39-0.1497-0.04780.0754-0.1427-0.0522-0.0263-0.13850.0261-0.100727.1056-24.816552.5849
36.43433.3924-0.69256.4707-0.58024.8867-0.02250.3334-0.0816-0.3046-0.09190.33730.0901-0.08690.11440.01350.10820.0082-0.2743-0.02190.424528.88957.60756.5542
48.8327-1.31751.79182.04090.25160.3536-0.1435-0.071-0.0329-0.24310.10480.131-0.06890.08080.03880.09880.05620.132-0.17690.0665-0.091845.568919.192864.178
57.00081.5785-2.59352.2299-1.44786.89280.0169-0.6682-0.19250.59790.22560.3489-0.2463-0.3169-0.2425-0.17450.08220.1523-0.0050.00720.032420.5218-42.392380.1451
62.52850.96670.68870.1007-0.98633.7334-0.08950.9293-0.722-0.9250.141-0.05750.641-0.8475-0.05150.4792-0.25110.3990.0925-0.259-0.46460.2223-50.970537.8694
71.85290.3258-0.42353.07910.2252.3097-0.048-0.08930.3582-0.3183-0.0657-0.852-0.01720.00430.1137-0.25950.11340.1626-0.2828-0.02190.057674.406-27.816369.35
81.1541-4.7942-1.91247.8649-1.03291.90530.1078-0.3753-0.2492-0.1276-0.053-0.3525-0.08620.378-0.0548-0.0525-0.02380.1843-0.2360.06020.558177.20144.474265.9975
95.8014-0.93990.02194.9449-0.01521.4017-0.07720.03670.1304-0.50310.1415-0.5373-0.6093-0.1944-0.06440.14170.00970.2738-0.25060.0392-0.044561.971118.537659.2394
1010.1263-3.0202-4.311602.35614.3866-0.12150.584-0.1986-0.32710.2283-0.07660.12330.1965-0.10680.3814-0.08670.4616-0.3566-0.0487-0.104779.8894-45.892642.4262
112.731-0.1022-2.23643.2156-0.58730.2034-0.31220.0865-0.6376-0.00740.1215-0.40580.5331-0.43970.19070.07160.10110.3737-0.36130.0124-0.063170.5176-48.407360.5892
12-0.5154-1.93622.58784.7588-1.3873.5474-0.1563-0.0431-0.5037-0.71990.14720.00840.17350.16350.0091-0.2497-0.08320.0841-0.1804-0.04750.006928.3772-45.85160.9232
134.7786-0.0342.34042.81490.75366.1223-0.0730.6833-0.6243-0.2034-0.21670.3490.36860.09130.28970.1321-0.25280.17230.0139-0.2385-0.12125.9697-51.961533.4721
143.0956-0.2044-0.41076.3609-3.84317.9819-0.311-0.3065-0.4932-0.40950.1138-0.25080.7931-0.22550.19720.02010.10120.1429-0.091-0.0264-0.060771.1064-55.323888.4289
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|417 - B|608 B|1001 - B|1005 }B417 - 608
2X-RAY DIFFRACTION1{ B|417 - B|608 B|1001 - B|1005 }B1001 - 1005
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|29 - A|244 A|328 - A|369 A|461 - A|490 }A29 - 244
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5X-RAY DIFFRACTION2{ A|29 - A|244 A|328 - A|369 A|461 - A|490 }A461 - 490
6X-RAY DIFFRACTION3{ A|370 - A|379 A|445 - A|460 }A370 - 379
7X-RAY DIFFRACTION3{ A|370 - A|379 A|445 - A|460 }A445 - 460
8X-RAY DIFFRACTION4{ A|380 - A|444 }A380 - 444
9X-RAY DIFFRACTION5{ A|10 - A|28 B|609 - B|636 }A10 - 28
10X-RAY DIFFRACTION5{ A|10 - A|28 B|609 - B|636 }B609 - 636
11X-RAY DIFFRACTION6{ D|417 - D|608 D|1001 - D|1005 }D417 - 608
12X-RAY DIFFRACTION6{ D|417 - D|608 D|1001 - D|1005 }D1001 - 1005
13X-RAY DIFFRACTION7{ C|29 - C|244 C|328 - C|369 C|461 - C|490 }C29 - 244
14X-RAY DIFFRACTION7{ C|29 - C|244 C|328 - C|369 C|461 - C|490 }C328 - 369
15X-RAY DIFFRACTION7{ C|29 - C|244 C|328 - C|369 C|461 - C|490 }C461 - 490
16X-RAY DIFFRACTION8{ C|370 - C|379 C|445 - C|460 }C370 - 379
17X-RAY DIFFRACTION8{ C|370 - C|379 C|445 - C|460 }C445 - 460
18X-RAY DIFFRACTION9{ C|380 - C|444 }C380 - 444
19X-RAY DIFFRACTION10{ C|11 - C|28 D|609 - D|636 }C11 - 28
20X-RAY DIFFRACTION10{ C|11 - C|28 D|609 - D|636 }D609 - 636
21X-RAY DIFFRACTION11{ E|1 - E|8 F|2013 - F|2019 }E1 - 8
22X-RAY DIFFRACTION11{ E|1 - E|8 F|2013 - F|2019 }F2013 - 2019
23X-RAY DIFFRACTION12{ E|2013 - E|2019 F|1 - F|8 }E2013 - 2019
24X-RAY DIFFRACTION12{ E|2013 - E|2019 F|1 - F|8 }F1 - 8
25X-RAY DIFFRACTION13{ A|245 - A|327 }A245 - 327
26X-RAY DIFFRACTION14{ C|245 - C|327 }C245 - 327
27X-RAY DIFFRACTION15{ S|417 - S|608 S|1001 - S|1005 }S417 - 608
28X-RAY DIFFRACTION15{ S|417 - S|608 S|1001 - S|1005 }S1001 - 1005
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38X-RAY DIFFRACTION20{ U|417 - U|608 U|1001 - U|1005 }U1001 - 1005
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41X-RAY DIFFRACTION21{ T|29 - T|244 T|328 - T|369 T|461 - T|490 }T461 - 490
42X-RAY DIFFRACTION22{ T|370 - T|379 T|445 - T|460 }T370 - 379
43X-RAY DIFFRACTION22{ T|370 - T|379 T|445 - T|460 }T445 - 460
44X-RAY DIFFRACTION23{ T|380 - T|444 }T380 - 444
45X-RAY DIFFRACTION24{ T|10 - T|28 U|609 - U|636 }T10 - 28
46X-RAY DIFFRACTION24{ T|10 - T|28 U|609 - U|636 }U609 - 636
47X-RAY DIFFRACTION25{ V|1 - V|8 W|2013 - W|2019 }V1 - 8
48X-RAY DIFFRACTION25{ V|1 - V|8 W|2013 - W|2019 }W2013 - 2019
49X-RAY DIFFRACTION26{ V|2013 - V|2019 W|1 - W|8 }V2013 - 2019
50X-RAY DIFFRACTION26{ V|2013 - V|2019 W|1 - W|8 }W1 - 8
51X-RAY DIFFRACTION27{ R|245 - R|327 }R245 - 327
52X-RAY DIFFRACTION28{ T|245 - T|327 }T245 - 327
53X-RAY DIFFRACTION29{ E|2009 - E|2012 F|2009 - F|2012 A|1100 C|1100 }E2009 - 2012
54X-RAY DIFFRACTION29{ E|2009 - E|2012 F|2009 - F|2012 A|1100 C|1100 }F2009 - 2012
55X-RAY DIFFRACTION29{ E|2009 - E|2012 F|2009 - F|2012 A|1100 C|1100 }A1100
56X-RAY DIFFRACTION29{ E|2009 - E|2012 F|2009 - F|2012 A|1100 C|1100 }C1100
57X-RAY DIFFRACTION30{ V|2009 - V|2012 W|2009 - W|2012 R|1100 T|1100 }V2009 - 2012
58X-RAY DIFFRACTION30{ V|2009 - V|2012 W|2009 - W|2012 R|1100 T|1100 }W2009 - 2012
59X-RAY DIFFRACTION30{ V|2009 - V|2012 W|2009 - W|2012 R|1100 T|1100 }R1100
60X-RAY DIFFRACTION30{ V|2009 - V|2012 W|2009 - W|2012 R|1100 T|1100 }T1100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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