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万見
- PDB-5aze: Fab fragment of calcium-dependent antigen binding antibody, 6RL#9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aze
タイトルFab fragment of calcium-dependent antigen binding antibody, 6RL#9
要素
  • 6RL#9 FAB HEAVY CHAIN
  • 6RL#9 FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / calcium-dependent / RECYCLING ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kadono, S. / Hironiwa, N. / Ishii, S. / Igawa, T. / Hattori, K.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Calcium-dependent antigen binding as a novel modality for antibody recycling by endosomal antigen dissociation
著者: Hironiwa, N. / Ishii, S. / Kadono, S. / Iwayanagi, Y. / Mimoto, F. / Habu, K. / Igawa, T. / Hattori, K.
履歴
登録2015年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Structure summary
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 6RL#9 FAB LIGHT CHAIN
H: 6RL#9 FAB HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2623
ポリマ－47,2222
非ポリマー401
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.470, 79.860, 116.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 6RL#9 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 22789.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 6RL#9 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 24432.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCES OF THIS PROTEIN WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) ...THE SEQUENCES OF THIS PROTEIN WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20.0% PEG 4000, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.35 Å / Num. obs: 22199 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.12 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.25 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2data processing
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZA6 for VH, CL, and CH1 regions, 2A9M for VL region

1za6

2a9m


解像度: 2.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 6.947 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2724 1162 5.2 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2145 21023 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.33 Å2 / Biso mean: 27.373 Å2 / Biso min: 17.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å2-0 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3195 0 1 238 3434
Biso mean--47.71 30.37 -
残基数----430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.9544475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9065427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49424.336113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41415500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.516159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8212.7031717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4964.0512141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6812.7051563
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 97 -
Rwork0.254 1494 -
all-1591 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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