PDB-4ziz: Serial Femtosecond Crystallography of Soluble Proteins in Lipidic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ziz

タイトル

Serial Femtosecond Crystallography of Soluble Proteins in Lipidic Cubic Phase (C-Phycocyanin from T. elongatus)

要素

C-phycocyanin alpha chain
C-phycocyanin beta chain

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Free electron laser / Phycocyanin / Lipidic cubic phase

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Fromme, R. / Ishchenko, A. / Metz, M. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Boutet, S. / Fromme, P. / White, T.A. / Barty, A. / Spence, J.C.H. ...

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2015
タイトル: Serial femtosecond crystallography of soluble proteins in lipidic cubic phase.
著者: Fromme, R. / Ishchenko, A. / Metz, M. / Chowdhury, S.R. / Basu, S. / Boutet, S. / Fromme, P. / White, T.A. / Barty, A. / Spence, J.C. / Weierstall, U. / Liu, W. / Cherezov, V.

履歴

登録	2015年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月2日	Group: Database references / Other / Structure summary
改定 1.2	2016年12月14日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2018年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ziz.cif.gz	199.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ziz.ent.gz	164.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ziz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ziz_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ziz_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4ziz_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	4ziz_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4ziz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4ziz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3l0fSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uvk-1 2uun-1 5mjm-1 1gh0-2 1i7y-1 1ktp-2 4n6s-1 6jpr-d 5mjq-1 1jbo-1 2uun-2 5tou-d 1ha7-2 4h0m-2 5o7m-1 1gh0-1 1ha7-1 2uul-1 3l0f-1 2uum-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C-phycocyanin alpha chain

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-phycocyanin alpha chain

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
225 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	x-y,-y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	-x,-x+y,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.380, 186.380, 60.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-309- HOH

#1: タンパク質	C-phycocyanin alpha chain 分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質	C-phycocyanin beta chain 分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P50033
#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.1 % / 解説: 10 x10x5 um size crystals in total 6,171
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: 20 mM MgCl2 , 17 %PEG 3,350 / Temp details: LPC jet

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: FEL LPC jet
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.56 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.56 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→31.6 Å / Num. all: 44284 / Num. obs: 44284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 139.4 % / Net I/σ(I): 2.94
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 36.8 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1894	精密化
MOSFLM	CrystFEL	データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3l0f

3l0f

解像度: 1.75→31.561 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2542	1838	4.57 %
R_work	0.2041	-	-
obs	0.2064	40257	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→31.561 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2583	0	43	166	2792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2674
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.702	3636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.529	954
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7973	0.5005	141	0.5053	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7973-1.8502	0.5017	140	0.4387	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8502-1.9099	0.3962	140	0.3758	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9099-1.9782	0.3109	141	0.3014	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9782-2.0574	0.3648	141	0.3025	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0574-2.151	0.32	140	0.2662	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.2643	0.2916	141	0.2277	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2643-2.4062	0.2876	141	0.2201	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4062-2.5919	0.2596	142	0.1997	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5919-2.8525	0.2378	141	0.1978	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8525-3.2649	0.2487	142	0.1862	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2649-4.1121	0.2181	142	0.1517	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1121-31.5659	0.1906	146	0.1668	3042	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2804	0.0252	0.075	0.137	-0.141	0.1822	0.1437	0.0424	0.0745	0.0435	-0.1523	0.1921	-0.0248	-0.0745	-0.0004	0.3484	0.0007	0.0543	0.3105	-0.0195	0.3388	25.3417	2.9373	-5.3403
2	0.4318	-0.6434	-0.1679	1.3783	0.5111	0.2262	0.0359	0.0879	-0.0125	-0.082	0.0262	-0.3689	0.0191	0.0733	0	0.2902	-0.0062	0.0046	0.3022	0.0199	0.3083	37.8541	-19.5696	-6.584
3	0.0876	0.0327	0.0607	0.1048	-0.0086	0.101	-0.1131	0.2553	-0.4566	-0.1415	-0.0785	0.0664	0.578	0.3451	0.0055	0.399	0.008	0.0435	0.291	-0.0074	0.3491	22.9179	-43.474	-10.1804
4	0.953	-0.0683	-0.2329	1.773	0.1085	0.2989	0.0246	-0.0075	0.0892	-0.031	0.006	-0.0164	-0.0093	-0.0587	-0.0006	0.2707	0.0012	0.0228	0.2714	0.0026	0.2522	30.3362	-24.0539	-6.1646
5	0.2547	-0.2403	0.0223	0.4157	0.0993	0.0779	0.0905	0.0133	-0.1349	0.4112	-0.0083	0.1777	0.2198	-0.1957	-0.0012	0.3671	-0.0544	-0.0428	0.3078	0.0483	0.3347	31.809	11.795	18.1094
6	0.3738	0.1394	-0.5269	0.052	-0.1965	0.7426	-0.3792	-0.3104	0.1269	1.1451	0.4455	-0.5147	0.5825	-0.0613	-0.0361	0.4953	0.0299	-0.1889	0.3251	0.0095	0.5492	43.1592	6.1693	16.8901
7	1.1417	0.2795	0.3503	0.8834	0.1716	0.1164	0.0764	-0.064	-0.1149	0.1611	-0.0893	-0.1642	-0.0324	0.0078	-0	0.3072	0.006	-0.0012	0.2453	-0.0104	0.2301	22.5865	-19.7956	15.1922
8	0.4955	0.4381	0.0494	0.5238	0.1541	0.3722	0.0031	-0.3278	0.2339	0.4092	-0.0394	0.0879	0.0949	-0.0411	-0.0012	0.4409	-0.0159	0.0336	0.3184	-0.0336	0.2531	20.7887	-12.9071	21.4338
9	0.3277	0.0779	0.1879	0.5061	0.0361	0.2669	0.0582	-0.2348	-0.0748	0.4648	-0.1645	-0.1378	0.042	0.0719	0	0.4215	-0.0165	-0.06	0.2823	-0.0067	0.3176	35.8957	-12.3184	19.8646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 77 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 162 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 20 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 33 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 34 through 99 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 100 through 142 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 143 through 172 )

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