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- PDB-4z3c: Zinc finger region of human TET3 in complex with CpG DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z3c
タイトルZinc finger region of human TET3 in complex with CpG DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Methylcytosine dioxygenase
キーワードDNA Binding protein/DNA / zinc finger / dna-binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA Binding protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epigenetic programing of male pronucleus / methylcytosine dioxygenase / DNA 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, oxidation pathway / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / protein O-linked glycosylation / male pronucleus / female pronucleus / methyl-CpG binding ...epigenetic programing of male pronucleus / methylcytosine dioxygenase / DNA 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, oxidation pathway / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / protein O-linked glycosylation / male pronucleus / female pronucleus / methyl-CpG binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / chromosome / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylcytosine dioxygenase TET1/2/3 / : / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methylcytosine dioxygenase TET3 / Methylcytosine dioxygenase TET3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Liu, K. / Xu, C. / Tempel, W. / Dong, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: DNA Sequence Recognition of Human CXXC Domains and Their Structural Determinants.
著者: Xu, C. / Liu, K. / Lei, M. / Yang, A. / Li, Y. / Hughes, T.R. / Min, J.
履歴
登録2015年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn ...entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
C: Methylcytosine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3559
ポリマ－13,2243
非ポリマー1316
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area6660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.616, 54.744, 40.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Methylcytosine dioxygenase


分子量: 5897.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TET3 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: K9JJH7, UniProt: O43151*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG-1500, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→39.11 Å / Num. obs: 16318 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 59473
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.57-1.63.51.071.128488120.4640.66599.8
8.6-39.1130.0427295970.9950.02990.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.7データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HP3

4hp3


解像度: 1.57→39.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2466 / WRfactor Rwork: 0.2132 / FOM work R set: 0.7594 / SU B: 6.238 / SU ML: 0.095 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / SU Rfree: 0.0994 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: the structure was by molecular replacement using diffraction data collected on an isomorphous sanple. coot was used for interactive model building. Model geometry was assessed with phenix.molprobity.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2525 807 5 %RANDOM
Rwork0.2146 15494 --
obs0.2164 16301 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.84 Å2 / Biso mean: 28.058 Å2 / Biso min: 16.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20.79 Å2
2---2.39 Å20 Å2
3---1.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→39.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数324 486 6 85 901
Biso mean--25.66 34.21 -
残基数----69
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.014915
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.4561343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.45131452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.984546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.9862013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9241573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.509156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6191.671181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6231.665180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.422.492225
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 63 -
Rwork0.31 1149 -
all-1212 -
obs--99.67 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.1291 Å / Origin y: 9.615 Å / Origin z: -11.6993 Å
111213212223313233
T0.0442 Å2-0.0097 Å20.0101 Å2-0.1613 Å20.003 Å2--0.0124 Å2
L1.8112 °2-0.5212 °20.0252 °2-3.4037 °2-0.4583 °2--1.2797 °2
S0.0178 Å °-0.0696 Å °-0.0414 Å °0.0688 Å °0.042 Å °0.1972 Å °-0.2308 Å °-0.055 Å °-0.0598 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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