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- PDB-4ydk: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydk
タイトルCrystal structure of broadly and potently neutralizing antibody C38-VRC16.01 in complex with HIV-1 clade AE strain 93TH057 gp120
要素
  • Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
  • HEAVY CHAIN OF ANTIBODY C38-VRC16.01
  • LIGHT CHAIN OF ANTIBODY C38-VRC16.01
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.051 Å
データ登録者Zhou, T. / Moquin, S. / Zheng, A. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell / : 2015
タイトル: Structural Repertoire of HIV-1-Neutralizing Antibodies Targeting the CD4 Supersite in 14 Donors.
著者: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / ...著者: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / Schmidt, S.D. / Tran, L. / Yang, Z. / Druz, A. / Luongo, T.S. / Moquin, S. / Srivatsan, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zheng, A. / Pancera, M. / Kirys, T. / Georgiev, I.S. / Gindin, T. / Peng, H.P. / Yang, A.S. / Mullikin, J.C. / Gray, M.D. / Stamatatos, L. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Cohen, M.S. / Haynes, B.F. / Casazza, J.P. / Connors, M. / Corti, D. / Lanzavecchia, A. / Sattentau, Q.J. / Weiss, R.A. / West, A.P. / Bjorkman, P.J. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2015年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY C38-VRC16.01
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY C38-VRC16.01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,27034
ポリマ-87,9113
非ポリマー4,35931
8,323462
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.836, 109.686, 100.063
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-616-

HOH

21H-415-

HOH

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要素

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF ANTIBODY C38-VRC16.01


分子量: 25132.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF ANTIBODY C38-VRC16.01


分子量: 23567.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / , 2種, 11分子 G

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160


分子量: 39211.434 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 43-122, 201-303, 325-486,UNP residues 43-122, 201-303, 325-486,UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
: 93TH057 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 483分子

#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 7.5% PEG 8000, 0.1M CHES, pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 67445 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 34.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.282 / Net I/av σ(I): 22.582 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 252388
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.093.10.46230470.8120.3010.5530.84388.5
2.09-2.123.30.40831330.8480.2590.4860.87192.4
2.12-2.163.50.3732270.890.2320.4380.86795
2.16-2.213.60.31933100.9140.1970.3760.91897.1
2.21-2.263.70.32734030.9130.1990.3840.93899.1
2.26-2.313.80.27233920.9380.1640.3190.93599.9
2.31-2.373.80.2534060.9490.150.2910.964100
2.37-2.433.80.22134190.9560.1320.2580.992100
2.43-2.53.90.19134230.9640.1140.2231.024100
2.5-2.583.90.16333950.9740.0970.1911.09100
2.58-2.683.90.13534190.980.0810.1581.155100
2.68-2.783.90.11434540.9860.0680.1331.147100
2.78-2.913.90.09833880.9870.0590.1151.243100
2.91-3.063.90.08434240.990.050.0981.318100
3.06-3.253.90.07334140.9920.0430.0851.465100
3.25-3.513.90.06934420.9920.0410.081.78699.9
3.51-3.863.80.06734130.990.040.0782.33599.9
3.86-4.423.80.06234350.9930.0370.0722.53599.6
4.42-5.563.90.0534470.9940.030.0581.77799.8
5.56-503.80.0334540.9980.0180.0351.03498.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1702精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SE9
解像度: 2.051→24.253 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2061 3411 5.06 %Random selection
Rwork0.166 64027 --
obs0.168 67438 98.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 180.66 Å2 / Biso mean: 58.4507 Å2 / Biso min: 17.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.051→24.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6067 0 485 462 7014
Biso mean--89.93 49.85 -
残基数----785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7548776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031108
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2862319
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0513-2.08060.28161280.24012380250887
2.0806-2.11160.2971060.22122445255191
2.1116-2.14460.26451180.22032559267794
2.1446-2.17970.2531690.20282554272396
2.1797-2.21730.23111270.19592652277998
2.2173-2.25760.24951560.19622678283499
2.2576-2.3010.22971190.19126882807100
2.301-2.34790.24691500.189426962846100
2.3479-2.39890.23351420.189627082850100
2.3989-2.45470.20851340.187427402874100
2.4547-2.5160.22511450.196226812826100
2.516-2.5840.24071500.193126772827100
2.584-2.65990.2681630.191126932856100
2.6599-2.74560.27151430.180527172860100
2.7456-2.84360.21631430.181226972840100
2.8436-2.95730.22681400.17627152855100
2.9573-3.09160.22721700.183226872857100
3.0916-3.25430.2011280.170827302858100
3.2543-3.45760.20341580.172126982856100
3.4576-3.72370.19311250.15827142839100
3.7237-4.09680.18461560.147827062862100
4.0968-4.68590.17431550.123227062861100
4.6859-5.88980.15381470.133627332880100
5.8898-24.2550.18841390.158727732912100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5542-0.4193-0.03680.65260.01440.29530.13650.5188-0.0842-0.57630.0195-0.4384-0.25660.5591-0.00430.6742-0.05950.12580.7214-0.18050.4563-37.893919.1269-25.2806
20.0604-0.06260.02720.136-0.09090.06130.1660.52480.368-0.45560.0919-0.3768-0.23940.4990.00310.6848-0.21460.28431.2554-0.37110.7536-18.294526.8988-19.5492
30.9948-0.20010.38530.0462-0.07760.14380.25070.35290.6195-0.44160.0497-0.3261-0.6273-0.0424-0.01850.5213-0.0320.14470.5235-0.1620.4433-38.632527.0177-15.0511
40.02930.00420.02670.016-0.00090.0350.22570.80510.4773-0.4661-0.09020.1228-0.7079-0.6105-0.00030.46680.03650.06270.595-0.06220.3689-50.494719.6117-14.3213
50.0457-0.0271-0.00780.04160.03250.033-0.03180.51510.0331-0.29620.1473-0.10020.31560.3517-0.00030.50390.0087-0.02440.4081-0.02030.3574-57.509818.4017-8.835
60.0374-0.00690.02290.00720.00250.0251-0.1094-0.31681.02530.1579-0.1-0.0389-1.04930.0386-0.00040.53320.0516-0.0620.4428-0.10220.4951-60.100327.8294-3.784
70.4839-0.47940.06571.7158-0.04391.3742-0.16140.24270.3206-0.44730.2629-0.4099-0.01630.6325-0.00670.4913-0.00490.14660.7058-0.28980.4678-33.678320.8715-16.6084
80.05710.0136-0.0240.0077-0.0160.0587-0.0640.0103-0.0266-0.11630.0815-0.15960.12020.14980.13080.7703-0.21650.39941.1964-0.47130.9028-20.276722.7425-23.8395
91.1065-0.56380.11511.02330.25921.65670.04460.6349-0.47860.02590.4018-0.78460.23361.18720.07780.32490.2390.05460.5953-0.47750.5968-30.134715.9346-4.5012
100.16660.00320.36040.0054-0.00770.84420.4355-0.2623-0.71210.71380.13820.14720.5995-0.41210.01270.7810.1487-0.03790.45660.06890.7033-50.67581.98714.0092
110.12080.1301-0.21850.1237-0.20980.37810.0643-0.2014-0.6730.21640.0607-0.5640.51850.67540.00070.58240.4056-0.17410.7777-0.3090.9467-25.24596.73934.8301
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4X-RAY DIFFRACTION4(chain G and resid 112:115)G112 - 115
5X-RAY DIFFRACTION5(chain G and resid 116:120)G116 - 120
6X-RAY DIFFRACTION6(chain G and resid 121:200)G121 - 200
7X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resid 201:240)G201 - 240
8X-RAY DIFFRACTION8(chain G and resid 241:246)G241 - 246
9X-RAY DIFFRACTION9(chain G and resid 247:300)G247 - 300
10X-RAY DIFFRACTION10(chain G and resid 301:331)G301 - 331
11X-RAY DIFFRACTION11(chain G and resid 332:347)G332 - 347
12X-RAY DIFFRACTION12(chain G and resid 348:357)G348 - 357
13X-RAY DIFFRACTION13(chain G and resid 358:372)G358 - 372
14X-RAY DIFFRACTION14(chain G and resid 373:376)G373 - 376
15X-RAY DIFFRACTION15(chain G and resid 377:421)G377 - 421
16X-RAY DIFFRACTION16(chain G and resid 422:439)G422 - 439
17X-RAY DIFFRACTION17(chain G and resid 440:448)G440 - 448
18X-RAY DIFFRACTION18(chain G and resid 449:458)G449 - 458
19X-RAY DIFFRACTION19(chain G and resid 459:465)G459 - 465
20X-RAY DIFFRACTION20(chain G and resid 466:491)G466 - 491
21X-RAY DIFFRACTION21(chain H and resid 1:7)H1 - 7
22X-RAY DIFFRACTION22(chain H and resid 8:17)H8 - 17
23X-RAY DIFFRACTION23(chain H and resid 18:23)H18 - 23
24X-RAY DIFFRACTION24(chain H and resid 24:41)H24 - 41
25X-RAY DIFFRACTION25(chain H and resid 42:49)H42 - 49
26X-RAY DIFFRACTION26(chain H and resid 50:60)H50 - 60
27X-RAY DIFFRACTION27(chain H and resid 61:64)H61 - 64
28X-RAY DIFFRACTION28(chain H and resid 65:82C)H65 - 82
29X-RAY DIFFRACTION29(chain H and resid 83:100J)H83 - 100
30X-RAY DIFFRACTION30(chain H and resid 100K:115)H100
31X-RAY DIFFRACTION31(chain H and resid 116:120)H116 - 120
32X-RAY DIFFRACTION32(chain H and resid 121:145)H121 - 145
33X-RAY DIFFRACTION33(chain H and resid 146:150)H146 - 150
34X-RAY DIFFRACTION34(chain H and resid 151:165)H151 - 165
35X-RAY DIFFRACTION35(chain H and resid 166:185)H166 - 185
36X-RAY DIFFRACTION36(chain H and resid 186:189)H186 - 189
37X-RAY DIFFRACTION37(chain H and resid 190:198)H190 - 198
38X-RAY DIFFRACTION38(chain H and resid 199:204)H199 - 204
39X-RAY DIFFRACTION39(chain H and resid 205:210)H205 - 210
40X-RAY DIFFRACTION40(chain H and resid 211:214)H211 - 214
41X-RAY DIFFRACTION41(chain L and resid 1:10)L1 - 10
42X-RAY DIFFRACTION42(chain L and resid 11:17)L11 - 17
43X-RAY DIFFRACTION43(chain L and resid 18:24)L18 - 24
44X-RAY DIFFRACTION44(chain L and resid 25:32)L25 - 32
45X-RAY DIFFRACTION45(chain L and resid 33:52)L33 - 52
46X-RAY DIFFRACTION46(chain L and resid 53:59)L53 - 59
47X-RAY DIFFRACTION47(chain L and resid 60:71)L60 - 71
48X-RAY DIFFRACTION48(chain L and resid 72:97)L72 - 97
49X-RAY DIFFRACTION49(chain L and resid 98:103)L98 - 103
50X-RAY DIFFRACTION50(chain L and resid 104:125)L104 - 125
51X-RAY DIFFRACTION51(chain L and resid 126:140)L126 - 140
52X-RAY DIFFRACTION52(chain L and resid 141:144)L141 - 144
53X-RAY DIFFRACTION53(chain L and resid 145:151)L145 - 151
54X-RAY DIFFRACTION54(chain L and resid 152:164)L152 - 164
55X-RAY DIFFRACTION55(chain L and resid 165:169)L165 - 169
56X-RAY DIFFRACTION56(chain L and resid 170:185)L170 - 185
57X-RAY DIFFRACTION57(chain L and resid 186:191)L186 - 191
58X-RAY DIFFRACTION58(chain L and resid 192:202)L192 - 202
59X-RAY DIFFRACTION59(chain L and resid 203:210)L203 - 210
60X-RAY DIFFRACTION60(chain L and resid 211:214)L211 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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