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Yorodumi- PDB-6wh9: Ketoreductase from module 1 of the 6-deoxyerythronolide B synthas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wh9 | ||||||
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Title | Ketoreductase from module 1 of the 6-deoxyerythronolide B synthase (KR1) in complex with antibody fragment (Fab) 1D10 | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE/IMMUNE SYSTEM / ketoreductase / antibody fragment / OXIDOREDUCTASE-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information 6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharopolyspora erythraea (bacteria) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Cogan, D.P. / Mathews, I.I. / Khosla, C. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2020 Title: Antibody Probes of Module 1 of the 6-Deoxyerythronolide B Synthase Reveal an Extended Conformation During Ketoreduction. Authors: Cogan, D.P. / Li, X. / Sevillano, N. / Mathews, I.I. / Matsui, T. / Craik, C.S. / Khosla, C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wh9.cif.gz | 990.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wh9.ent.gz | 828 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wh9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wh9_validation.pdf.gz | 531.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wh9_full_validation.pdf.gz | 600.6 KB | Display | |
Data in XML | 6wh9_validation.xml.gz | 91.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6wh9_validation.cif.gz | 125.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6wh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6wh9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6w7sC 2fr0S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 50888.957 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: module 1 (UNP residues 1448-1928) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharopolyspora erythraea (bacteria) / Gene: eryAI / Plasmid: pAYC59 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q5UNP6, UniProt: Q03131*PLUS #2: Antibody | Mass: 26135.020 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #3: Antibody | Mass: 24516.455 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 285.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 1.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL14-1 / Wavelength: 1.19499 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 19, 2019 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.19499 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.75→92.6 Å / Num. obs: 95801 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 14 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 23.4 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2FR0 Resolution: 2.75→39.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 39.716 / SU ML: 0.354 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.664 / ESU R Free: 0.342 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 236.15 Å2 / Biso mean: 97.859 Å2 / Biso min: 30 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.75→39.59 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.75→2.821 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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