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- PDB-6w7s: Ketoreductase from module 1 of the 6-deoxyerythronolide B synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w7s
タイトルKetoreductase from module 1 of the 6-deoxyerythronolide B synthase (KR1) in complex with antibody fragment (Fab) 2G10
要素
  • 2G10 (Fab heavy chain)
  • 2G10 (Fab light chain)
  • EryAI
キーワードOXIDOREDUCTASE/IMMUNE SYSTEM / ketoreductase / antibody fragment / OXIDOREDUCTASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


erythronolide synthase activity / 6-deoxyerythronolide-B synthase / macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
CurL-like, PKS C-terminal / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain ...CurL-like, PKS C-terminal / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythronolide synthase EryA1 / 6-deoxyerythronolide-B synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Cogan, D.P. / Mathews, I.I. / Khosla, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM087934 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Antibody Probes of Module 1 of the 6-Deoxyerythronolide B Synthase Reveal an Extended Conformation During Ketoreduction.
著者: Cogan, D.P. / Li, X. / Sevillano, N. / Mathews, I.I. / Matsui, T. / Craik, C.S. / Khosla, C.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EryAI
H: 2G10 (Fab heavy chain)
L: 2G10 (Fab light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5325
ポリマ－103,3023
非ポリマー2312
水7,548419
1
H: 2G10 (Fab heavy chain)
L: 2G10 (Fab light chain)
ヘテロ分子

A: EryAI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5325
ポリマ－103,3023
非ポリマー2312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area36970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.148, 129.532, 208.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 EryAI


分子量: 50888.957 Da / 分子数: 1 / 断片: module 1 (UNP residues 1448-1928) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
遺伝子: eryAI / プラスミド: pAYC59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BAP1 / 参照: UniProt: Q5UNP6, UniProt: Q03131*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 2G10 (Fab heavy chain)


分子量: 27107.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 2G10 (Fab light chain)


分子量: 25305.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 421分子

#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 15% PEG6000, 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.249→39.36 Å / Num. obs: 51949 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.281 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.3213.92.0066161244190.6810.5542.0821.699.2
9.27-39.36130.058106878240.9990.0170.062998.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3908精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FR0

2fr0


解像度: 2.25→39.36 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 2616 5.04 %
Rwork0.1793 49278 -
obs0.1819 51894 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.08 Å2 / Biso mean: 36.4821 Å2 / Biso min: 13.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→39.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6666 0 13 426 7105
Biso mean--38.96 37.8 -
残基数----897
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.290.28591280.25622533266199
2.29-2.330.31911340.254625382672100
2.33-2.380.30741250.242826032728100
2.38-2.430.29031460.231325582704100
2.43-2.490.3021400.216225692709100
2.49-2.550.2541280.206225572685100
2.55-2.620.25831490.197225882737100
2.62-2.70.23531520.194625422694100
2.7-2.780.26761390.194325662705100
2.79-2.880.29721440.20225622706100
2.88-30.25481200.189826062726100
3-3.140.2851040.190926132717100
3.14-3.30.21161240.189826292753100
3.3-3.510.21671570.170325752732100
3.51-3.780.21651370.166826062743100
3.78-4.160.2011420.152326042746100
4.16-4.760.19051780.132726022780100
4.76-5.990.18421270.156926582785100
5.99-39.360.21871420.168827692911100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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