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Yorodumi- PDB-3ab2: Crystal structure of aspartate kinase from Corynebacterium glutam... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ab2 | ||||||
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Title | Crystal structure of aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum in complex with threonine | ||||||
Components | (AspartokinaseAspartate kinase) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / aspartate kinase / concerted inhibition / Alternative initiation / Amino-acid biosynthesis / ATP-binding / Diaminopimelate biosynthesis / Kinase / Lysine biosynthesis / Nucleotide-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate kinase / aspartate kinase activity / threonine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / phosphorylation / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Corynebacterium glutamicum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.59 Å | ||||||
Authors | Yoshida, A. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2010 Title: Mechanism of concerted inhibition of {alpha}2{beta}2-type heterooligomeric aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum Authors: Yoshida, A. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2007 Title: Structural Insight into concerted inhibition of alpha 2 beta 2-type aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum Authors: Yoshida, A. / Tomita, T. / Kurihara, T. / Fushinobu, S. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ab2.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ab2.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ab2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/3ab2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/3ab2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3aawSC 3ab4C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44798.527 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum (bacteria) / Gene: lysC / Plasmid: pET26b(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)RIL codon plus / References: UniProt: P26512, aspartate kinase #2: Protein | Mass: 19384.752 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: ACT 1/2 domains, UNP residues 251-421 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum (bacteria) / Gene: lysC / Plasmid: pACYCDuet / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)RIL codon plus / References: UniProt: P26512, aspartate kinase #3: Chemical | ChemComp-THR / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 2.2M Ammonium sulfate, 0.05M HEPES-NaOH, 2.1% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 21, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.59→50 Å / Num. obs: 156726 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 79.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.59→2.69 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 96.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3AAW Resolution: 2.59→42.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 30.733 / SU ML: 0.291 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.817 / ESU R Free: 0.349 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.201 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.411 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→42.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.589→2.656 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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