PDB-3ab4: Crystal structure of feedback inhibition resistant mutant of aspa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ab4

タイトル

Crystal structure of feedback inhibition resistant mutant of aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum in complex with lysine and threonine

要素

(Aspartokinase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / aspartate kinase / concerted inhibition / Alternative initiation / Amino-acid biosynthesis / ATP-binding / Diaminopimelate biosynthesis / Kinase / Lysine biosynthesis / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate kinase / aspartate kinase activity / homoserine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Yoshida, A. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Mechanism of concerted inhibition of {alpha}2{beta}2-type heterooligomeric aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum
著者: Yoshida, A. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.

履歴

登録	2009年11月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ab4.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ab4.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ab4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/3ab4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/3ab4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3aawSC 3ab2C 2dtj S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ab2-3 3ab2-2 3ab2-4 3c50-d 3c4x-d 4l9i-d 3aaw-d 3qc9-1 6w7s-1 3qc9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Aspartokinase

B: Aspartokinase

C: Aspartokinase

D: Aspartokinase

E: Aspartokinase

F: Aspartokinase

G: Aspartokinase

H: Aspartokinase

I: Aspartokinase

J: Aspartokinase

K: Aspartokinase

L: Aspartokinase

M: Aspartokinase

N: Aspartokinase

O: Aspartokinase

P: Aspartokinase

ヘテロ分子

517 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Aspartokinase

B: Aspartokinase

C: Aspartokinase

D: Aspartokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Aspartokinase

F: Aspartokinase

G: Aspartokinase

H: Aspartokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Aspartokinase

J: Aspartokinase

K: Aspartokinase

L: Aspartokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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4

M: Aspartokinase

N: Aspartokinase

O: Aspartokinase

P: Aspartokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.033, 112.874, 120.009
Angle α, β, γ (deg.)	76.03, 71.07, 74.50
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Aspartokinase / Aspartate kinase 分子量: 44858.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: lysC / プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL codon plus / 参照: UniProt: P26512, aspartate kinase
#2: タンパク質	Aspartokinase / Aspartate kinase 分子量: 19444.848 Da / 分子数: 8 / Fragment: ACT 1/2 domains, UNP residues 251-421 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: lysC / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL codon plus / 参照: UniProt: P26512, aspartate kinase
#3: 化合物	ChemComp-THR / THREONINE / トレオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₃
#4: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THESE RESIDUES AT 301 IN CHAIN A,C,E,G,I,K,M,O AND 52 IN CHAIN B,D,F,H,J,L,N,P ARE INTRODUCED BY ...THESE RESIDUES AT 301 IN CHAIN A,C,E,G,I,K,M,O AND 52 IN CHAIN B,D,F,H,J,L,N,P ARE INTRODUCED BY SITE-DIRECTED MUTAGENESIS ARTIFICIALLY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15% PEG 4000, 0.05M Sodium citrate, 0.1M Ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月15日 / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 166233 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 67.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.47→2.52 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.363 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AAW

3aaw

解像度: 2.47→39.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 26.493 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.597 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28769	8052	5 %	RANDOM
R_work	0.22297	-	-	-
obs	0.22621	151988	95.69 %	-
all	-	167445	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.385 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0.01 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.393 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→39.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30385	0	198	387	30970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	30827
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	19862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.239	1.976	41789
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.897	3	48872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.411	5	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.379	25.219	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.631	15	5203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.151	15	199
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	34522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5573
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.412	1.5	20569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.062	1.5	8450
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.779	2	32851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.125	3	10258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.936	4.5	8938
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.471→2.535 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	550	-
R_work	0.305	10031	-
obs	-	-	86.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4259	-0.1394	0.0561	0.278	-0.1148	2.3533	-0.0979	0.156	-0.068	0.0016	-0.0126	-0.0245	-0.153	0.117	0.1105	0.0851	-0.0318	0.0552	0.0789	-0.0071	0.0683	-14.9727	34.8718	18.7552
2	2.5245	1.1216	-0.6837	2.5671	-0.1202	1.3207	0.0088	-0.1262	0.0718	0.178	-0.0075	-0.0346	-0.1119	-0.068	-0.0013	0.1272	0.0548	0.0292	0.0343	0.0073	0.0187	-21.4444	39.192	42.089
3	0.6294	0.3177	0.1158	0.4348	0.6691	2.0811	0.0346	-0.105	-0.0785	0.0493	-0.0076	-0.1117	0.0522	-0.1328	-0.027	0.0899	0.0184	0.0003	0.1472	-0.0197	0.0704	22.1092	32.2518	-18.4682
4	3.5047	-0.7092	0.5309	3.7147	0.329	3.1649	-0.1845	0.2078	0.3104	-0.2434	0.151	-0.2703	-0.4215	0.2388	0.0335	0.1427	-0.0962	0.0299	0.068	-0.0142	0.054	29.5621	37.4621	-41.6979
5	0.746	0.0612	0.5145	2.0553	0.8008	1.0102	-0.0872	-0.0495	-0.0604	-0.2129	-0.1311	0.2074	-0.0944	-0.0487	0.2182	0.1345	0.0174	0.0365	0.1735	-0.0027	0.1209	-24.1275	18.983	-31.8861
6	0.2775	0.3186	0.2269	2.2304	0.5954	0.8711	-0.2249	-0.0084	0.1906	-0.575	-0.219	0.3829	-0.6808	-0.1698	0.4439	0.5487	0.144	-0.3599	0.1285	-0.0534	0.2573	-30.7206	42.1857	-33.836
7	0.3935	-0.7042	0.0399	2.394	0.3199	0.3708	-0.0296	-0.0546	0.0203	0.1729	0.0203	-0.1061	-0.0003	0.0215	0.0093	0.077	-0.0452	0.0522	0.1976	0.0328	0.1116	13.1744	-13.6569	-39.9137
8	3.9959	-0.6157	0.912	4.0448	-0.7621	2.9126	-0.0244	0.1585	-0.2521	-0.1098	-0.0321	-0.3198	0.3389	-0.0004	0.0565	0.0833	-0.0233	0.0507	0.0221	-0.0247	0.0754	19.5156	-38.5821	-44.3737
9	0.646	-0.4173	0.8915	0.9978	-1.268	3.1307	0.0442	-0.1217	-0.1327	-0.1192	0.1613	0.1814	0.1634	-0.2046	-0.2054	0.0496	-0.0346	0.0222	0.1267	0.0075	0.0957	-25.3455	-30.7028	-13.4362
10	3.8818	-2.1017	0.3007	4.0169	-0.0681	3.8599	0.1712	0.2266	-0.4656	-0.4786	-0.0334	0.1979	0.3593	-0.5928	-0.1379	0.1351	-0.1406	-0.0631	0.2709	0.0604	0.1205	-41.8618	-31.2601	-35.1863
11	0.8954	-0.2253	0.3253	0.4063	-0.0033	1.5325	0.1148	0.2103	-0.0529	-0.0969	-0.0267	0.0414	0.1185	0.0065	-0.0881	0.0591	0.0215	0.0265	0.1036	-0.0309	0.1078	20.3299	-36.5635	12.2012
12	2.4485	0.6805	0.5163	2.2698	0.1774	1.9151	0.0342	-0.0557	-0.1211	0.0977	0.0234	0.0041	0.2223	0.0565	-0.0576	0.0561	0.0272	0.039	0.0698	-0.0184	0.1244	29.9903	-43.4345	33.2899
13	0.582	0.6219	0.0785	1.7544	0.4543	0.6477	0.0805	0.0567	0.1003	0.1014	-0.0238	0.051	-0.0148	-0.099	-0.0567	0.0485	0.0269	0.0753	0.0738	0.04	0.1259	-16.3655	-15.1409	37.2419
14	2.5016	0.2533	0.5191	2.2119	0.417	1.8218	0.1112	0.0308	-0.0992	0.2267	-0.0723	0.0151	0.2418	-0.0239	-0.0389	0.1086	-0.0242	0.0612	0.0792	0.0103	0.0856	-27.0903	-37.4785	39.9398
15	0.59	0.9712	-0.1424	1.8494	-0.3504	0.2507	-0.0706	0.0861	-0.0626	0.0961	0.0913	-0.0687	-0.0469	0.0135	-0.0207	0.1994	-0.0044	0.0034	0.0922	-0.0131	0.2163	26.4218	9.6008	33.1116
16	3.7464	0.3095	-0.2093	3.9537	-1.3205	5.8337	-0.0074	-0.1495	-0.072	0.725	-0.0857	-0.0317	-0.4728	0.0926	0.0931	0.3041	-0.0592	-0.1089	0.0198	0.0316	0.0663	39.1948	33.8114	32.5673

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 408
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 409
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 157
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 409
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	4 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 407
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	6 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 406
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	9 - 153
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 408
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 159
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	2 - 408
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	4 - 158
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	2 - 407
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	5 - 157

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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