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- PDB-3c50: Crystal Structure of G protein coupled receptor kinase 1 bound to... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3c50 | ||||||
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Title | Crystal Structure of G protein coupled receptor kinase 1 bound to ADP and magnesium chloride at 2.6A | ||||||
![]() | Rhodopsin kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Ser/Thr kinase / RGS homology domain / G protein coupled receptor kinase / GRK / GRK1 / rhodopsin kinase / P-loop / autophosphorylation / ADP / ATP-binding / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Prenylation / Serine/threonine-protein kinase | ||||||
Function / homology | ![]() rhodopsin kinase / rhodopsin kinase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / regulation of signal transduction / visual perception / photoreceptor disc membrane / protein autophosphorylation / signal transduction / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singh, P. / Tesmer, J.J.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of rhodopsin kinase in different ligand states reveal key elements involved in G protein-coupled receptor kinase activation. Authors: Singh, P. / Wang, B. / Maeda, T. / Palczewski, K. / Tesmer, J.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 219.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 172.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3c4wC ![]() 3c4xC ![]() 3c4yC ![]() 3c4zSC ![]() 3c51C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 61429.934 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-535 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 318 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MES / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.25 Details: PEG 8000, NaCl, glycerol, MES pH 6.25, ADP, magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 17, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→25 Å / Num. obs: 43786 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3C4Z Resolution: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / SU B: 14.954 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / ESU R: 0.455 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.969 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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