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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ab2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum in complex with threonine | ||||||
要素 | (AspartokinaseAspartate kinase) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / aspartate kinase / concerted inhibition / Alternative initiation / Amino-acid biosynthesis / ATP-binding / Diaminopimelate biosynthesis / Kinase (キナーゼ) / Lysine biosynthesis (リシン) / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aspartate kinase / aspartate kinase activity / threonine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / リン酸化 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å | ||||||
データ登録者 | Yoshida, A. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Mechanism of concerted inhibition of {alpha}2{beta}2-type heterooligomeric aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum 著者: Yoshida, A. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Structural Insight into concerted inhibition of alpha 2 beta 2-type aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum 著者: Yoshida, A. / Tomita, T. / Kurihara, T. / Fushinobu, S. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ab2.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ab2.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ab2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/3ab2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/3ab2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44798.527 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: lysC / プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL codon plus / 参照: UniProt: P26512, aspartate kinase #2: タンパク質 | 分子量: 19384.752 Da / 分子数: 8 / Fragment: ACT 1/2 domains, UNP residues 251-421 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: lysC / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL codon plus / 参照: UniProt: P26512, aspartate kinase #3: 化合物 | ChemComp-THR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.2M Ammonium sulfate, 0.05M HEPES-NaOH, 2.1% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 156726 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 79.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3AAW 解像度: 2.59→42.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 30.733 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.817 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.201 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.411 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.59→42.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.589→2.656 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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