+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u7y | ||||||||||||
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Title | Structure of NIH45-46 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Ig fold / gp120 / anti HIV / Glycosylation / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / complement activation, classical pathway / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / antigen binding / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / host cell endosome membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / viral protein processing / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4478 Å | ||||||||||||
Authors | Diskin, R. / Bjorkman, P.J. | ||||||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2011 Title: Increasing the Potency and Breadth of an HIV Antibody by Using Structure-Based Rational Design. Authors: Diskin, R. / Scheid, J.F. / Marcovecchio, P.M. / West, A.P. / Klein, F. / Gao, H. / Gnanapragasam, P.N. / Abadir, A. / Seaman, M.S. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u7y.cif.gz | 329.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u7y.ent.gz | 267.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u7y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3u7wSC 3ngbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules G
#2: Protein | Mass: 40204.512 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: gp120 core (UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486) Mutation: V65C, S115C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Strain: 93TH057 / Gene: Env, pol / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q0ED31, UniProt: A0A0M3KKW9*PLUS |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#1: Antibody | Mass: 25089.342 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGHG1 / Cell line (production host): HEK 2936E / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P01857 |
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#3: Antibody | Mass: 23000.438 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGKC / Cell line (production host): HEK 2936E / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P01834 |
-Sugars , 2 types, 7 molecules
#4: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#6: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 3 types, 69 molecules
#5: Chemical | ChemComp-FLC / |
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#7: Chemical | ChemComp-CL / |
#8: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 12% isopropanol, 10% polyethylene glycol 10,000, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 18, 2011 |
Radiation | Monochromator: Liquid nitrogen-cooled double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4478→37.05 Å / Num. all: 39608 / Num. obs: 39062 / % possible obs: 98.6 % |
Reflection shell | Resolution: 2.4478→2.51 Å / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3U7W AND 3NGB Resolution: 2.4478→37.05 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.203 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4478→37.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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