+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u7w | |||||||||
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Title | Crystal structure of NIH45-46 Fab | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Ig fold / Antibody / HIV gp120 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Diskin, R. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2011 Title: Increasing the Potency and Breadth of an HIV Antibody by Using Structure-Based Rational Design. Authors: Diskin, R. / Scheid, J.F. / Marcovecchio, P.M. / West, A.P. / Klein, F. / Gao, H. / Gnanapragasam, P.N. / Abadir, A. / Seaman, M.S. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u7w.cif.gz | 190.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u7w.ent.gz | 150 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u7w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3u7yC 3ngbS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#1: Antibody | Mass: 25089.342 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGHG1 / Cell line (production host): HEK 2936E / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P01857 |
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#2: Antibody | Mass: 23000.438 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGKC / Cell line (production host): HEK 2936E / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P01834 |
-Sugars , 1 types, 1 molecules
#5: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 3 types, 129 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.73 Å3/Da / Density % sol: 67.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 12% polyethylene glycol 20,000, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 0.1 M sodium/potassium tartrate, 0.02 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 25, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Liquid nitrogen-cooled double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→38.8 Å / Num. all: 22923 / Num. obs: 22795 / % possible obs: 99.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3NGB Resolution: 2.6→38.685 Å / SU ML: 0.89 / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.819 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→38.685 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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