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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3efd | ||||||
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Title | The crystal structure of the cytoplasmic domain of KcsA | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Helix bundle / C-terminus | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Uysal, S. / Vasquez, V. / Tereshko, V. / Esaki, K. / Fellouse, F.A. / Sidhu, S.S. / Koide, S. / Perozo, E. / Kossiakoff, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of full-length KcsA in its closed conformation. Authors: Uysal, S. / Vasquez, V. / Tereshko, V. / Esaki, K. / Fellouse, F.A. / Sidhu, S.S. / Koide, S. / Perozo, E. / Kossiakoff, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 94.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 76.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 432.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 456 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 22960.484 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 23708.432 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
#3: Protein/peptide | Mass: 3631.964 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20% PEG2000 and 20 mM Bis-Tris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 10, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. all: 15270 / Num. obs: 13735 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.7 Å / % possible all: 99.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.799 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.605→2.672 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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