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万見
- PDB-3eff: The Crystal Structure of Full-Length KcsA in its Closed Conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eff
タイトルThe Crystal Structure of Full-Length KcsA in its Closed Conformation
要素
  • (FAB) x 2
  • Voltage-gated potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Full length KcsA / Bulge helix / Cell membrane / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Transmembrane / Transport / Voltage-gated channel
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like ...ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Uysal, S. / Vasquez, V. / Tereshko, T. / Esaki, K. / Fellouse, F.A. / Sidhu, S.S. / Koide, S. / Perozo, E. / Kossiakoff, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of full-length KcsA in its closed conformation.
著者: Uysal, S. / Vasquez, V. / Tereshko, V. / Esaki, K. / Fellouse, F.A. / Sidhu, S.S. / Koide, S. / Perozo, E. / Kossiakoff, A.
履歴
登録2008年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAB
B: FAB
C: FAB
D: FAB
K: Voltage-gated potassium channel
L: Voltage-gated potassium channel
M: Voltage-gated potassium channel
N: Voltage-gated potassium channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,6328
ポリマ－156,6328
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.799, 173.905, 339.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: 抗体 FAB


分子量: 23493.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 FAB


分子量: 23905.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質
Voltage-gated potassium channel


分子量: 15458.734 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 22-160 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces lividans (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A334
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 340 mM (NH4)2SO4, 11% PEG4000, 100 mM Na3C6H5O7 pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→40 Å / Num. all: 34199 / Num. obs: 32412 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル解像度: 3.8→3.9 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Num. unique all: 3849 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→40 Å / σ(F): 1.5 / σ(I): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.331 1625 -RANDOM
Rwork0.27 ---
all0.29 34199 --
obs0.28 32412 94.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10912 0 0 0 10912

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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