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- EMDB-2022: Three-dimensional reconstruction of another targeted individual a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2022
タイトルThree-dimensional reconstruction of another targeted individual antibody particle by individual-particle electron tomography (IPET). The reconstruction displayed three ring-shaped domains that corresponding to three domain of IgG antibody.
マップデータSingle targeted particle structure reconstructed by focus-EM reconstruction algorithm of individual particle electron tomography method
試料
  • 試料: Human IgG Antibody
  • タンパク質・ペプチド: IgG Antibody
キーワードhuman IgG antibody
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.6 Å
データ登録者Zhang L / Ren G
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2012
タイトル: IPET and FETR: experimental approach for studying molecular structure dynamics by cryo-electron tomography of a single-molecule structure.
著者: Lei Zhang / Gang Ren /
要旨: The dynamic personalities and structural heterogeneity of proteins are essential for proper functioning. Structural determination of dynamic/heterogeneous proteins is limited by conventional ...The dynamic personalities and structural heterogeneity of proteins are essential for proper functioning. Structural determination of dynamic/heterogeneous proteins is limited by conventional approaches of X-ray and electron microscopy (EM) of single-particle reconstruction that require an average from thousands to millions different molecules. Cryo-electron tomography (cryoET) is an approach to determine three-dimensional (3D) reconstruction of a single and unique biological object such as bacteria and cells, by imaging the object from a series of tilting angles. However, cconventional reconstruction methods use large-size whole-micrographs that are limited by reconstruction resolution (lower than 20 Å), especially for small and low-symmetric molecule (<400 kDa). In this study, we demonstrated the adverse effects from image distortion and the measuring tilt-errors (including tilt-axis and tilt-angle errors) both play a major role in limiting the reconstruction resolution. Therefore, we developed a "focused electron tomography reconstruction" (FETR) algorithm to improve the resolution by decreasing the reconstructing image size so that it contains only a single-instance protein. FETR can tolerate certain levels of image-distortion and measuring tilt-errors, and can also precisely determine the translational parameters via an iterative refinement process that contains a series of automatically generated dynamic filters and masks. To describe this method, a set of simulated cryoET images was employed; to validate this approach, the real experimental images from negative-staining and cryoET were used. Since this approach can obtain the structure of a single-instance molecule/particle, we named it individual-particle electron tomography (IPET) as a new robust strategy/approach that does not require a pre-given initial model, class averaging of multiple molecules or an extended ordered lattice, but can tolerate small tilt-errors for high-resolution single "snapshot" molecule structure determination. Thus, FETR/IPET provides a completely new opportunity for a single-molecule structure determination, and could be used to study the dynamic character and equilibrium fluctuation of macromolecules.
履歴
登録2012年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月20日-
マップ公開2012年1月27日-
更新2016年3月9日-
現状2016年3月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2022-v02...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single targeted particle structure reconstructed by focus-EM reconstruction algorithm of individual particle electron tomography method
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.41 Å/pix.
x 200 pix.
= 281.2 Å		1.41 Å/pix.
x 200 pix.
= 281.2 Å		1.41 Å/pix.
x 200 pix.
= 281.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.406 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.54592627 - 1.1842618
平均 (標準偏差)-0.000000000033324 (±0.03788411)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 281.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4061.4061.406
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z281.200281.200281.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.5461.184-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human IgG Antibody

全体名称: Human IgG Antibody
要素
  • 試料: Human IgG Antibody
  • タンパク質・ペプチド: IgG Antibody

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超分子 #1000: Human IgG Antibody

超分子名称: Human IgG Antibody / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was thawed from storage at -80 degrees Celcius before being loaded onto the grid
集合状態: Monomer / Number unique components: 1
分子量実験値: 160 KDa / 理論値: 160 KDa

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分子 #1: IgG Antibody

分子名称: IgG Antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IgG / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: IgG / 別称: Human / 細胞中の位置: Plasma
分子量実験値: 160 KDa / 理論値: 160 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 1X Dulbeccos phosphate-buffered saline (Invitrogen, La Jolla, CA), 2.7 mM KCl, 1.46 mM KH2PO4, 136.9 mM NaCl, and 8.1 mM Na2HPO4
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: EM Specimens were prepared by optimized negative-staining EM specimen preparation protocol as described Zhang L. and Ren G, Journal of Lipid Research, (2010) 51, 1228-1236 and (2011) 52, 175- ...詳細: EM Specimens were prepared by optimized negative-staining EM specimen preparation protocol as described Zhang L. and Ren G, Journal of Lipid Research, (2010) 51, 1228-1236 and (2011) 52, 175-84. In brief, antibody was diluted to 0.01 mg/ml with deionized water. Aliquots (about 3ul) were applied to the 200 mesh glow-discharged thin carbon-coated EM grids (Cu-200CN, Pacific Grid-Tech, USA). The grid was washed by deionized water for three times, and then washed by 1% uranyl formate for three times before blotting to drying.
グリッド詳細: 200 mesh glow-discharged thin carbon-coated EM grids (Cu-200CN, Pacific Grid-Tech, USA)
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
詳細tilt step is 1.5 degree
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 1.406 µm / 実像数: 81 / 平均電子線量: 250 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °

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画像解析

詳細Single targeted particle"s images were reconstructed by focus-EM reconstruction algorithm of individual particle electron tomography method. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 81. Average tomographic tilt angle increment: 1.5.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IPET, and, FETR
詳細: Map was reconstructed by individual-particle electron tomography (IPET)and Focus ET Reconstruction Algorithm.
CTF補正詳細: TOMOCTF
最終 角度割当詳細: Tomography tilt angle from -60 to 60 in step of 1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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